MirGeneDB ID | Dme-Mir-999 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-999 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUUAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dme-mir-999 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-999 Aga-Mir-999 Dan-Mir-999 Dmo-Mir-999 Dsi-Mir-999 Dya-Mir-999 Gpa-Mir-999 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Diptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Diptera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
3R: 21798249-21798308 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-999) |
Mir-999
3R: 21798249-21798308 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-4969 3R: 21798535-21798651 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGAAGAAAGGAUGCCGCUCAAUUACCCCGACAUAGUCAUACGGUGAAUGUUGUGUAUUGGAGACCAAUGUUAACUGUAAGACUGUGUCUCGGUGGUUGCCAGCCCAGCCACACAGCCCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAGAAGAAAGGAUGCCGCU--| CC A G GUGUAU CAAUUACC GACAUAGUC UACGGU AAUGUU U GUUGGUGG CUGUGUCAG AUGUCA UUGUAA G ACCCGACACACCGACCCGACC^ CU A A CCAGAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dme-Mir-999_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0020899 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACAUAGUCAUACGGUGAAUGUU -22
Get sequence
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Mature sequence | Dme-Mir-999_3p |
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mirBase accession | MIMAT0005519 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGUUAACUGUAAGACUGUGUCU -60
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005519 TargetScanFly: dme-miR-999 |