MirGeneDB ID | Dme-Mir-969 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-969 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGUUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dme-mir-969 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dan-Mir-969 Dmo-Mir-969 Dsi-Mir-969 Dya-Mir-969 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
X: 18124375-18124436 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-969) |
Mir-969
X: 18124375-18124436 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-210-v1 X: 18128234-18128292 [+] UCSC Ensembl Mir-210-v2 X: 18128234-18128292 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGUGAAUCCCCAAGUCUCUGUCCUACGUCCGAGUUCCACUAAGCAAGUUUUGAGAUCGUUUUAAAAACAAAAACUUGACACGUUGAGCUCGUUCGUGGGAUGGACUACUGCAAUUCGAAAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGUGAAUCCCCAAGUCU--| UC C UAAG GAGAUCGU CUGUCCUACG CGAGUUC AC CAAGUUUU U GGUAGGGUGC GCUCGAG UG GUUCAAAA U CUAAAGCUUAACGUCAUCA^ UU U CACA ACAAAAAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dme-Mir-969_5p |
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mirBase accession | MIMAT0005485 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAGUUCCACUAAGCAAGUUUU -21
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005485 TargetScanFly: dme-miR-969 |
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Co-mature sequence | Dme-Mir-969_3p |
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mirBase accession | MIMAT0020866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- AACUUGACACGUUGAGCUCGU -62
Get sequence
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