MirGeneDB ID | Ebu-Mir-7-P7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAGAC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ebu-Mir-7-P5 Ebu-Mir-7-P6 Ebu-Mir-7-P8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-7 Aga-Mir-7 Agr-Mir-7 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Cin-Mir-7 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dlo-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Eba-Mir-7 Esc-Mir-7 Gpa-Mir-7 Gsa-Mir-7 Gsp-Mir-7 Hme-Mir-7 Hmi-Mir-7 Hru-Mir-7 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lgi-Mir-7 Llo-Mir-7 Lpo-Mir-7 Mgi-Mir-7 Mom-Mir-7 Npo-Mir-7 Obi-Mir-7 Ofu-Mir-7 Ovu-Mir-7 Pau-Mir-7 Pca-Mir-7 Pcr-Mir-7 Pdu-Mir-7 Pfl-Mir-7 Pmi-Mir-7 Pve-Mir-7 Rph-Mir-7 Sko-Mir-7 Sne-Mir-7 Snu-Mir-7 Spu-Mir-7 Sro-Mir-7 Tca-Mir-7 War-Mir-7 Xbo-Mir-7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. burgeri | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010824.1: 244027-244083 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAGAGUGCAAAAUCUGAUCCCUGUCCGCGUGGAAGACUGGUGAUUUUGUUGUUGUGUUGGGAAACAACAGACCGCAGUCUUCCACUCGACCAUGUGUUCACUUUCUUCAUUCUUCGGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAAGAGUGCAAAAUCUGAUCCC--| UC C G AU GUGU UG CG GUGGAAGACUG UG UUUGUUGUU \ AC GC CACCUUCUGAC GC AGACAACAA U GCUUCUUACUUCUUUCACUUGUGU^ CA U - C- AGGG 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ebu-Mir-7-P7_5p (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAAGACUGGUGAUUUUGUUGUU -24
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ebu-Mir-7-P7_3p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- CAACAGACCGCAGUCUUCCACU -57
Get sequence
|