MirGeneDB 3.0

MirGeneDB ID

Sne-Mir-7

Family name MIR-7 (all species)
Seed GGAAGAC
Species Seison (Seison nebaliae)
MiRBase ID
Paralogues
Orthologues Aae-Mir-7  Aca-Mir-7-P1  Aca-Mir-7-P2  Aca-Mir-7-P4  Aga-Mir-7  Agr-Mir-7  Ami-Mir-7-P1  Ami-Mir-7-P2  Ami-Mir-7-P3  Ami-Mir-7-P4  Asu-Mir-7  Ava-Mir-7-P26  Ava-Mir-7-P27  Bfl-Mir-7  Bge-Mir-7  Bko-Mir-7-P18a  Bko-Mir-7-P18b  Bko-Mir-7-P19a  Bko-Mir-7-P19b  Bla-Mir-7  Bpl-Mir-7-P18  Bpl-Mir-7-P19  Bta-Mir-7-P1  Bta-Mir-7-P2  Bta-Mir-7-P4  Cfa-Mir-7-P1  Cfa-Mir-7-P2  Cfa-Mir-7-P4  Cin-Mir-7  Cja-Mir-7-P1  Cja-Mir-7-P2  Cja-Mir-7-P4  Cli-Mir-7-P1  Cli-Mir-7-P2  Cli-Mir-7-P3  Cli-Mir-7-P4  Cmi-Mir-7-P1  Cmi-Mir-7-P2  Cmi-Mir-7-P4  Cpi-Mir-7-P1  Cpi-Mir-7-P2  Cpi-Mir-7-P3  Cpi-Mir-7-P4  Cpo-Mir-7-P1  Cpo-Mir-7-P2  Cpo-Mir-7-P4  Csc-Mir-7-P14  Csc-Mir-7-P15  Cte-Mir-7  Dan-Mir-7  Dgr-Mir-7-P24  Dgr-Mir-7-P25  Dlo-Mir-7  Dma-Mir-7  Dme-Mir-7  Dmo-Mir-7  Dno-Mir-7-P1  Dno-Mir-7-P2  Dno-Mir-7-P4  Dpu-Mir-7-P9  Dpu-Mir-7-P10  Dre-Mir-7-P1a  Dre-Mir-7-P1b  Dre-Mir-7-P2b  Dre-Mir-7-P3  Dre-Mir-7-P4b  Dsi-Mir-7  Dya-Mir-7  Eba-Mir-7  Ebu-Mir-7-P5  Ebu-Mir-7-P6  Ebu-Mir-7-P7  Ebu-Mir-7-P8  Eca-Mir-7-P1  Eca-Mir-7-P2  Eca-Mir-7-P4  Efe-Mir-7-P11  Efe-Mir-7-P12  Efe-Mir-7-P13  Egr-Mir-7-P16  Egr-Mir-7-P17  Esc-Mir-7  Ete-Mir-7-P1  Ete-Mir-7-P2  Ete-Mir-7-P4  Gga-Mir-7-P1  Gga-Mir-7-P2c  Gga-Mir-7-P2d  Gga-Mir-7-P4  Gja-Mir-7-P1  Gja-Mir-7-P2  Gja-Mir-7-P4  Gmo-Mir-7-P1a  Gmo-Mir-7-P1b  Gmo-Mir-7-P2a  Gmo-Mir-7-P3  Gmo-Mir-7-P4a  Gpa-Mir-7  Gsa-Mir-7  Gsp-Mir-7  Hme-Mir-7  Hmi-Mir-7  Hru-Mir-7  Hsa-Mir-7-P1  Hsa-Mir-7-P2  Hsa-Mir-7-P4  Isc-Mir-7  Laf-Mir-7-P1  Laf-Mir-7-P2  Laf-Mir-7-P4  Lan-Mir-7  Lch-Mir-7-P1  Lch-Mir-7-P2  Lch-Mir-7-P3  Lch-Mir-7-P4  Lgi-Mir-7  Llo-Mir-7  Loc-Mir-7-P1  Loc-Mir-7-P2  Loc-Mir-7-P3  Loc-Mir-7-P4  Loc-Mir-7-P4-as  Lpo-Mir-7  Mal-Mir-7-P1a  Mal-Mir-7-P2a  Mal-Mir-7-P3  Mal-Mir-7-P4a  Mdo-Mir-7-P1  Mdo-Mir-7-P2  Mdo-Mir-7-P4  Mgi-Mir-7  Mml-Mir-7-P1  Mml-Mir-7-P2  Mml-Mir-7-P4  Mmr-Mir-7-P1  Mmr-Mir-7-P2  Mmr-Mir-7-P4  Mmu-Mir-7-P1  Mmu-Mir-7-P2  Mmu-Mir-7-P4  Mom-Mir-7  Mun-Mir-7-P1e  Mun-Mir-7-P1f  Mun-Mir-7-P2  Mun-Mir-7-P3  Mun-Mir-7-P4  Neu-Mir-7-P1  Neu-Mir-7-P2  Neu-Mir-7-P4  Npo-Mir-7  Oan-Mir-7-P1  Oan-Mir-7-P2  Obi-Mir-7  Ocu-Mir-7-P1  Ocu-Mir-7-P2  Ocu-Mir-7-P4  Ofu-Mir-7  Ovu-Mir-7  Pab-Mir-7-P1  Pab-Mir-7-P2  Pab-Mir-7-P4  Pau-Mir-7  Pbv-Mir-7-P1  Pbv-Mir-7-P2  Pbv-Mir-7-P4  Pca-Mir-7  Pcr-Mir-7  Pdu-Mir-7  Pfl-Mir-7  Pma-Mir-7-o1  Pma-Mir-7-o2  Pma-Mir-7-o3  Pma-Mir-7-o4  Pmi-Mir-7  Pve-Mir-7  Rno-Mir-7-P1  Rno-Mir-7-P2  Rno-Mir-7-P4  Rph-Mir-7  Sha-Mir-7-P1  Sha-Mir-7-P2  Sha-Mir-7-P4  Sko-Mir-7  Sma-Mir-7-P16  Sma-Mir-7-P17  Sme-Mir-7-P20  Sme-Mir-7-P21  Sme-Mir-7-P22  Sme-Mir-7-P23  Snu-Mir-7  Spt-Mir-7-P1  Spt-Mir-7-P2  Spt-Mir-7-P3  Spt-Mir-7-P4  Spu-Mir-7  Sro-Mir-7  Sto-Mir-7-P1  Sto-Mir-7-P2  Sto-Mir-7-P4  Tca-Mir-7  Tgu-Mir-7-P1  Tgu-Mir-7-P2  Tgu-Mir-7-P4  Tni-Mir-7-P3  Tur-Mir-7-P28  Tur-Mir-7-P29  War-Mir-7  Xbo-Mir-7  Xla-Mir-7-P1c  Xla-Mir-7-P1d  Xla-Mir-7-P2e  Xla-Mir-7-P2f  Xla-Mir-7-P3a  Xla-Mir-7-P3b  Xtr-Mir-7-P1  Xtr-Mir-7-P2  Xtr-Mir-7-P3 
Node of Origin (locus) Bilateria
Node of Origin (family) Bilateria
Genome context
(S.nebaliae-strainB-GA2.2-3295Contigs_manual)
k141_2372: 42495-42587 [-] Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
AAUUAUCAAUUAAUAUCAUGUUUGACGAUUUGGAAGACUGGUGAUUUAUGAUUUGUUUUUGAAUUGAUUAAUUCCCAUUCAAACAAUUCUUUUAGUUUUAUCAUAAAAACCUGGUCUUCUGAAUUGUUUCACAGUUCUUUCUAUUAACAUUCU
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30         40        50        60        70      
AAUUAUCAAUUAAUAUCA--   UU       UG       -|  GA        UUGUUUUUGAAUUGAUUAAUUCC 
                    UGU  GACGAUU  GAAGACU GGU  UUUAUGAU                       \
                    ACA  UUGUUAA  CUUCUGG CCA  AAAUACUA                       C
UCUUACAAUUAUCUUUCUUG   CU       GU       U^  A-        UUUUGAUUUUCUUAACAAACUUA 
 150       140       130       120       110        100        90        80
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsNo
Tissue expression
 +
Po
Mature sequence

Sne-Mir-7_5p

mirBase accessionNone
Sequence
0- UGGAAGACUGGUGAUUUAUGAU -22
Get sequence
Star sequence

Sne-Mir-7_3p*

mirBase accessionNone
Sequence
71- CAUAAAAACCUGGUCUUCUGAA -93
Get sequence