MirGeneDB ID | Tni-Mir-7-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tni-mir-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-7 Aga-Mir-7 Agr-Mir-7 Ami-Mir-7-P3 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Cin-Mir-7 Cli-Mir-7-P3 Cpi-Mir-7-P3 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dlo-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dre-Mir-7-P3 Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Eba-Mir-7 Esc-Mir-7 Gmo-Mir-7-P3 Gpa-Mir-7 Gsa-Mir-7 Gsp-Mir-7 Hme-Mir-7 Hmi-Mir-7 Hru-Mir-7 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lch-Mir-7-P3 Lgi-Mir-7 Llo-Mir-7 Loc-Mir-7-P3 Lpo-Mir-7 Mal-Mir-7-P3 Mgi-Mir-7 Mom-Mir-7 Mun-Mir-7-P3 Npo-Mir-7 Obi-Mir-7 Ofu-Mir-7 Ovu-Mir-7 Pau-Mir-7 Pca-Mir-7 Pcr-Mir-7 Pdu-Mir-7 Pfl-Mir-7 Pma-Mir-7-o3 Pmi-Mir-7 Pve-Mir-7 Rph-Mir-7 Sko-Mir-7 Sne-Mir-7 Snu-Mir-7 Spt-Mir-7-P3 Spu-Mir-7 Sro-Mir-7 Tca-Mir-7 War-Mir-7 Xbo-Mir-7 Xla-Mir-7-P3a Xla-Mir-7-P3b Xtr-Mir-7-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
8: 1820450-1820510 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAUUUCACAACAGCACGGUCCGGAGCAGCGUGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUUUGGUGUCAAAAUUGACAACAAAUCAUUGUCUUCCUCACUGCCCCGAGACGAUGCCGCAUCUGUGAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAUUUCACAACAGCACG- -| A CGU U U UUGGUGU GUC CGG GCAG GGAAGAC AGUGAUUU GUUGU \ CAG GCC CGUC CCUUCUG UUACUAAA CAACA C AAAGUGUCUACGCCGUAG A^ C ACU - - GUUAAAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tni-Mir-7-P3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tni-Mir-7-P3_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- AACAAAUCAUUGUCUUCCUCA -61
Get sequence
|