MirGeneDB ID | Tgu-Mir-7-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tgu-mir-7-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tgu-Mir-7-P2 Tgu-Mir-7-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-7 Aca-Mir-7-P1 Ami-Mir-7-P1 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Bta-Mir-7-P1 Cfa-Mir-7-P1 Cgi-Mir-7 Cin-Mir-7 Cli-Mir-7-P1 Cmi-Mir-7-P1 Cpi-Mir-7-P1 Cpo-Mir-7-P1 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dno-Mir-7-P1 Dre-Mir-7-P1a Dre-Mir-7-P1b Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Esc-Mir-7 Ete-Mir-7-P1 Gga-Mir-7-P1 Gja-Mir-7-P1 Gmo-Mir-7-P1a Gmo-Mir-7-P1b Hme-Mir-7 Hsa-Mir-7-P1 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lch-Mir-7-P1 Lgi-Mir-7 Loc-Mir-7-P1 Lpo-Mir-7 Mal-Mir-7-P1a Mdo-Mir-7-P1 Mml-Mir-7-P1 Mmu-Mir-7-P1 Mun-Mir-7-P1e Mun-Mir-7-P1f Npo-Mir-7 Oan-Mir-7-P1 Obi-Mir-7 Ocu-Mir-7-P1 Ovu-Mir-7 Pbv-Mir-7-P1 Pfl-Mir-7 Pma-Mir-7-o1 Pmi-Mir-7 Rno-Mir-7-P1 Sha-Mir-7-P1 Sko-Mir-7 Spt-Mir-7-P1 Spu-Mir-7 Sto-Mir-7-P1 Tca-Mir-7 Xbo-Mir-7 Xla-Mir-7-P1c Xla-Mir-7-P1d Xtr-Mir-7-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (TaeGut1_add) |
10: 13788845-13788908 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUGAGGACGGACACGGUGCCUGCUUCCCUGUGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUUGUAUGGCUCAUCCCACCACAACAAGUCACAGUCUGCCCUAGGGCACACGGCCUCUGCAGCGACGCUGAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGAGGACGGACACGGU-- -| CUU U A A U UGUAUGGC GCC UG CCCUG GG AGACU GUGAUUU GUUGU U CGG AC GGGAU CC UCUGA CACUGAA CAACA C CAAGUCGCAGCGACGUCUC C^ AC- C G - - CCACCCUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tgu-Mir-7-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0014510 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tgu-Mir-7-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CAACAAGUCACAGUCUGCCCUA -64
Get sequence
|