MirGeneDB ID | Bpl-Mir-7-P18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Monogonont Rotifer 1 (Brachionus plicatilis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bpl-Mir-7-P19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-7 Aga-Mir-7 Agr-Mir-7 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bko-Mir-7-P18a Bko-Mir-7-P18b Bla-Mir-7 Cin-Mir-7 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dlo-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Eba-Mir-7 Esc-Mir-7 Gpa-Mir-7 Gsa-Mir-7 Gsp-Mir-7 Hme-Mir-7 Hmi-Mir-7 Hru-Mir-7 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lgi-Mir-7 Llo-Mir-7 Lpo-Mir-7 Mgi-Mir-7 Mom-Mir-7 Npo-Mir-7 Obi-Mir-7 Ofu-Mir-7 Ovu-Mir-7 Pau-Mir-7 Pca-Mir-7 Pcr-Mir-7 Pdu-Mir-7 Pfl-Mir-7 Pmi-Mir-7 Pve-Mir-7 Rph-Mir-7 Sko-Mir-7 Sne-Mir-7 Snu-Mir-7 Spu-Mir-7 Sro-Mir-7 Tca-Mir-7 War-Mir-7 Xbo-Mir-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | B. plicatilis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Bpl_ASM1027981) |
QEOQ01000688.1: 553513-553572 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUAAUCCAAAUAAAAUAGAAUAUGUAAGCUGGAAGACCAGUGAUUUUGUGUUCAGAAAAUUCAAAACACAAGAUUCUGCGUCUUCGAACCUUACAUGUUUAUCUAACAACUAACAAUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AUUAAUCCAAAUAAAAUA- CUG- -| U CAGAA GAAUAUGUAAG GAAGAC CAG GAUUUUGUGUU A UUUGUACAUUC CUUCUG GUC UUAGAACACAA A UUUAACAAUCAACAAUCUA CAAG C^ - AACUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bpl-Mir-7-P18_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAAGACCAGUGAUUUUGUGUU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bpl-Mir-7-P18_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CACAAGAUUCUGCGUCUUCGAAC -60
Get sequence
|