MirGeneDB ID | Hme-Mir-34-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hme-mir-34-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hme-Mir-34-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Aga-Mir-34 Agr-Mir-34 Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cin-Mir-34 Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dlo-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Gpa-Mir-34 Gsp-Mir-34 Hmi-Mir-34 Hru-Mir-34 Isc-Mir-34 Lgi-Mir-34 Lhy-Mir-34 Llo-Mir-34 Mgi-Mir-34 Mom-Mir-34 Npo-Mir-34 Obi-Mir-34 Ofu-Mir-34 Ovu-Mir-34 Pau-Mir-34 Pca-Mir-34 Pdu-Mir-34 Pfl-Mir-34 Pmi-Mir-34 Pve-Mir-34 Rph-Mir-34 Sko-Mir-34 Snu-Mir-34 Spu-Mir-34 Tca-Mir-34 Tur-Mir-34 War-Mir-34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Hmel_1) |
HE667979: 380-438 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P11) |
Mir-34-P11
HE667979: 380-438 [-]
Ensembl
Mir-277 HE667979: 12468-12551 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAAGCAGAGAGAAGUAUAGGUAGGCCACAGUGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUUUAGUCACAGCAACAGCCAGUAACGCCACUGCCUCUGCGUCUUGCCUGAAGCCGCAAAAGAAAUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAAGCAGAGAGAAGUAU--| CCA U UG G UAGU AGGUAGG CAG GGCAGUG GUUA CUGGUUGUU C UCCGUUC GUC CCGUCAC CAAU GACCGACAA A UCUAAAGAAAACGCCGAAG^ UGC U CG - CGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Hme-Mir-34-P11_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0024983 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGCAGUGUGGUUAGCUGGUUGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Hme-Mir-34-P11_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CAGCCAGUAACGCCACUGCCUCU -59
Get sequence
|