| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-430-P52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGGGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-1643a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-430-P1 Mdo-Mir-430-P2 Mdo-Mir-430-P3 Mdo-Mir-430-P4 Mdo-Mir-430-P51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Neu-Mir-430-P52-v1 Neu-Mir-430-P52-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. domestica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
4: 400890413-400890471 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P52) |
Mir-430-P52
4: 400890413-400890471 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P51 4: 400890701-400890759 [-] UCSC Ensembl Mir-7303-P2 4: 400890972-400891034 [-] UCSC Ensembl Mir-1541 4: 400891450-400891510 [-] UCSC Ensembl Mir-7304 4: 400891594-400891652 [-] UCSC Ensembl Mir-7303-P1-v1 4: 400892027-400892085 [-] UCSC Ensembl Mir-7303-P1-v2 4: 400892027-400892085 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCACAGGGGACUUCUGCCAGGCCCUGGGCCAUCCUCACUGAGGGCACUUUUUGGAUGUUGGCACAAAAAAGGGCUUCUGGUGAGGGUGGCCCAGACGGCGACAGCUCUGCACCCUGCCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCACAGGGGACUUCUGCCAG --| AG A UGGAUGU GCC CUGGGCCAUCCUCACUG GGC CUUUU \ CGG GACCCGGUGGGAGUGGU UCG GAAAA U CCCGUCCCACGUCUCGACAG CA^ CU G AACACGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mdo-Mir-430-P52_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0028594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUCCUCACUGAGGGCACUUUU -21
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-1643a-5p |
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| Mature sequence | Mdo-Mir-430-P52_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0028595 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAAGGGCUUCUGGUGAGGGUGG -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-1643a-3p |
