| MirGeneDB ID | Oan-Mir-1421-P17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1421 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCAGGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-1421z | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-1421-P1 Oan-Mir-1421-P2 Oan-Mir-1421-P3 Oan-Mir-1421-P4 Oan-Mir-1421-P5 Oan-Mir-1421-P6 Oan-Mir-1421-P7a Oan-Mir-1421-P7b Oan-Mir-1421-P7c Oan-Mir-1421-P8 Oan-Mir-1421-P9 Oan-Mir-1421-P10 Oan-Mir-1421-P11 Oan-Mir-1421-P12 Oan-Mir-1421-P13a Oan-Mir-1421-P13b Oan-Mir-1421-P14 Oan-Mir-1421-P15 Oan-Mir-1421-P16 Oan-Mir-1421-P18 Oan-Mir-1421-P19 Oan-Mir-1421-P20 Oan-Mir-1421-P21 Oan-Mir-1421-P22 Oan-Mir-1421-P23 Oan-Mir-1421-P24 Oan-Mir-1421-P25 Oan-Mir-1421-P26 Oan-Mir-1421-P27 Oan-Mir-1421-P28 Oan-Mir-1421-P29a Oan-Mir-1421-P29b Oan-Mir-1421-P30 Oan-Mir-1421-P31a Oan-Mir-1421-P31b Oan-Mir-1421-P31c Oan-Mir-1421-P32 Oan-Mir-1421-P33 Oan-Mir-1421-P34 Oan-Mir-1421-P35 Oan-Mir-1421-P36a Oan-Mir-1421-P36b Oan-Mir-1421-P37 Oan-Mir-1421-P38 Oan-Mir-1421-P39 Oan-Mir-1421-P40 Oan-Mir-1421-P41 Oan-Mir-1421-P42 Oan-Mir-1421-P43 Oan-Mir-1421-P44 Oan-Mir-1421-P45 Oan-Mir-1421-P46 Oan-Mir-1421-P47 Oan-Mir-1421-P48 Oan-Mir-1421-P49 Oan-Mir-1421-P50 Oan-Mir-1421-P51 Oan-Mir-1421-P52a Oan-Mir-1421-P52b Oan-Mir-1421-P53 Oan-Mir-1421-P54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | O. anatinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | O. anatinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041749.1: 96868684-96868744 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1421-P17) |
Mir-1421-P44
NC_041749.1: 96819518-96819575 [+]
Mir-1421-P45 NC_041749.1: 96820252-96820312 [+] Mir-1419-P8 NC_041749.1: 96820654-96820712 [+] Mir-1421-P46 NC_041749.1: 96821372-96821432 [+] Mir-1421-P47 NC_041749.1: 96822447-96822507 [+] Mir-1421-P48 NC_041749.1: 96822927-96822987 [+] Mir-1421-P49 NC_041749.1: 96823569-96823625 [+] Mir-1419-P9 NC_041749.1: 96823966-96824024 [+] Mir-1421-P50 NC_041749.1: 96824715-96824775 [+] Mir-1421-P51 NC_041749.1: 96826285-96826341 [+] Mir-1421-P52a NC_041749.1: 96833979-96834039 [+] Mir-1421-P1 NC_041749.1: 96837949-96838010 [+] Mir-1421-P2 NC_041749.1: 96840218-96840278 [+] Mir-1419-P1 NC_041749.1: 96841505-96841558 [+] Mir-1421-P4 NC_041749.1: 96842948-96843008 [+] Mir-1421-P5 NC_041749.1: 96844194-96844254 [+] Mir-1421-P6 NC_041749.1: 96844751-96844811 [+] Mir-1421-P8 NC_041749.1: 96847806-96847866 [+] Mir-1421-P9 NC_041749.1: 96850234-96850294 [+] Mir-1419-P2c NC_041749.1: 96853761-96853819 [+] Mir-1421-P7b NC_041749.1: 96855059-96855119 [+] Mir-1421-P10 NC_041749.1: 96855616-96855676 [+] Mir-1421-P12 NC_041749.1: 96857179-96857236 [+] Mir-1421-P13a NC_041749.1: 96860142-96860202 [+] Mir-1419-P3 NC_041749.1: 96860539-96860600 [+] Mir-1419-P2b NC_041749.1: 96861885-96861943 [+] Mir-1421-P7c NC_041749.1: 96863179-96863242 [+] Mir-1421-P15 NC_041749.1: 96863738-96863798 [+] Mir-1421-P13b NC_041749.1: 96864853-96864913 [+] Mir-1421-P16 NC_041749.1: 96866978-96867038 [+] Mir-1419-P2a NC_041749.1: 96867655-96867713 [+] Mir-1421-P17 NC_041749.1: 96868684-96868744 [+] Mir-1419-P4 NC_041749.1: 96871320-96871378 [+] Mir-1421-P18 NC_041749.1: 96872639-96872699 [+] Mir-1421-P19 NC_041749.1: 96873176-96873236 [+] Mir-1419-P5 NC_041749.1: 96873874-96873932 [+] Mir-1421-P21 NC_041749.1: 96875181-96875241 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGAUCCUGGCUGACUUACGGCAUGGUGUGAGCAGGUCACGUGUGGUGCAGCGUGAUAGUGGAAUAUGCUGCAUCGCGUGUGACCUCCCUACACCGCACUUCGUCUCUCCUACUGGAGAUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGGAUCCUGGCUGACUUACG----| AU AGC GUGAUAG GC GGUGUG AGGUCACGUGUGGUGCAGC \ CG CCACAU UCCAGUGUGCGCUACGUCG U UUAGAGGUCAUCCUCUCUGCUUCA^ -- CCC UAUAAGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-1421-P17_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0007245 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCAGGUCACGUGUGGUGCAGC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-1421-P17_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0007246 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGCAUCGCGUGUGACCUCCCUA -61
Get sequence
|
