| MirGeneDB ID | Oan-Mir-1421-P21 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1421 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAGGUU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-1421v | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-1421-P1 Oan-Mir-1421-P2 Oan-Mir-1421-P3 Oan-Mir-1421-P4 Oan-Mir-1421-P5 Oan-Mir-1421-P6 Oan-Mir-1421-P7a Oan-Mir-1421-P7b Oan-Mir-1421-P7c Oan-Mir-1421-P8 Oan-Mir-1421-P9 Oan-Mir-1421-P10 Oan-Mir-1421-P11 Oan-Mir-1421-P12 Oan-Mir-1421-P13a Oan-Mir-1421-P13b Oan-Mir-1421-P14 Oan-Mir-1421-P15 Oan-Mir-1421-P16 Oan-Mir-1421-P17 Oan-Mir-1421-P18 Oan-Mir-1421-P19 Oan-Mir-1421-P20 Oan-Mir-1421-P22 Oan-Mir-1421-P23 Oan-Mir-1421-P24 Oan-Mir-1421-P25 Oan-Mir-1421-P26 Oan-Mir-1421-P27 Oan-Mir-1421-P28 Oan-Mir-1421-P29a Oan-Mir-1421-P29b Oan-Mir-1421-P30 Oan-Mir-1421-P31a Oan-Mir-1421-P31b Oan-Mir-1421-P31c Oan-Mir-1421-P32 Oan-Mir-1421-P33 Oan-Mir-1421-P34 Oan-Mir-1421-P35 Oan-Mir-1421-P36a Oan-Mir-1421-P36b Oan-Mir-1421-P37 Oan-Mir-1421-P38 Oan-Mir-1421-P39 Oan-Mir-1421-P40 Oan-Mir-1421-P41 Oan-Mir-1421-P42 Oan-Mir-1421-P43 Oan-Mir-1421-P44 Oan-Mir-1421-P45 Oan-Mir-1421-P46 Oan-Mir-1421-P47 Oan-Mir-1421-P48 Oan-Mir-1421-P49 Oan-Mir-1421-P50 Oan-Mir-1421-P51 Oan-Mir-1421-P52a Oan-Mir-1421-P52b Oan-Mir-1421-P53 Oan-Mir-1421-P54 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | O. anatinus | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | O. anatinus | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041749.1: 96875181-96875241 [+] | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1421-P21) |
Mir-1421-P51
NC_041749.1: 96826285-96826341 [+]
Mir-1421-P52a NC_041749.1: 96833979-96834039 [+] Mir-1421-P1 NC_041749.1: 96837949-96838010 [+] Mir-1421-P2 NC_041749.1: 96840218-96840278 [+] Mir-1419-P1 NC_041749.1: 96841505-96841558 [+] Mir-1421-P4 NC_041749.1: 96842948-96843008 [+] Mir-1421-P5 NC_041749.1: 96844194-96844254 [+] Mir-1421-P6 NC_041749.1: 96844751-96844811 [+] Mir-1421-P8 NC_041749.1: 96847806-96847866 [+] Mir-1421-P9 NC_041749.1: 96850234-96850294 [+] Mir-1419-P2c NC_041749.1: 96853761-96853819 [+] Mir-1421-P7b NC_041749.1: 96855059-96855119 [+] Mir-1421-P10 NC_041749.1: 96855616-96855676 [+] Mir-1421-P12 NC_041749.1: 96857179-96857236 [+] Mir-1421-P13a NC_041749.1: 96860142-96860202 [+] Mir-1419-P3 NC_041749.1: 96860539-96860600 [+] Mir-1419-P2b NC_041749.1: 96861885-96861943 [+] Mir-1421-P7c NC_041749.1: 96863179-96863242 [+] Mir-1421-P15 NC_041749.1: 96863738-96863798 [+] Mir-1421-P13b NC_041749.1: 96864853-96864913 [+] Mir-1421-P16 NC_041749.1: 96866978-96867038 [+] Mir-1419-P2a NC_041749.1: 96867655-96867713 [+] Mir-1421-P17 NC_041749.1: 96868684-96868744 [+] Mir-1419-P4 NC_041749.1: 96871320-96871378 [+] Mir-1421-P18 NC_041749.1: 96872639-96872699 [+] Mir-1421-P19 NC_041749.1: 96873176-96873236 [+] Mir-1419-P5 NC_041749.1: 96873874-96873932 [+] Mir-1421-P21 NC_041749.1: 96875181-96875241 [+] |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGGGAUCCCGGCUGACCUCCGGCACGUGUGAACAGGUUACACGUGAUGCAGUGUGGUAGUGGAAUAUGCUGCAUCACGUUUGAUCUCCCUACACUGCACUGAGUCUCUCCAUCUGGAGAUUGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CGGGAUCCCGGCUGACCUCCG---| C AAC C GUGGUAG GCA GUGUG AGGUUA ACGUGAUGCAGU \ CGU CACAU UCUAGU UGCACUACGUCG U UUAGAGGUCUACCUCUCUGAGUCA^ - CCC U UAUAAGG . 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-1421-P21_5p |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0007236 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAGGUUACACGUGAUGCAGU -22
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-1421-P21_3p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0007237 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGCAUCACGUUUGAUCUCCCUA -61
Get sequence
|
