MirGeneDB ID | Sko-Mir-4828-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4828 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUAAAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sko-Mir-4828-P1 Sko-Mir-4828-P2 Sko-Mir-4828-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Pfl-Mir-4828-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Skow_1.1) |
NW_003123408.1: 368417-368477 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4828-P4) |
Mir-4828-P3
NW_003123408.1: 368589-368648 [-]
Mir-4828-P1 NW_003123408.1: 368928-368991 [-] |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACAAGUUUGCUGUGAAGACUACUUACACUCCAGUCUCAAUGUGUAUUUUCAUCUGUACUCUGUUAAUACAGUAAAUACCAUUGAGAUUGCAGAGUCUGUGGUCGCCAUUCAACGAUGAAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACAAGUUUGCUGUGAAG--| UU A C U UCAUCUGUACU ACUAC AC CU CAGUCUCAAUG GUAUUU C UGGUG UG GA GUUAGAGUUAC CAUAAA U CUAAGUAGCAACUUACCGC^ UC A C - UGACAUAAUUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sko-Mir-4828-P4_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAGUCUCAAUGUGUAUUUUCAUC -23
Get sequence
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Mature sequence | Sko-Mir-4828-P4_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- AGUAAAUACCAUUGAGAUUGCA -61
Get sequence
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