MirGeneDB ID | Sme-Mir-1-P25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Freshwater planarian (Schmidtea mediterranea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | sme-mir-1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sme-Mir-1-P24 Sme-Mir-1-P26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-1 Asu-Mir-1 Bfl-Mir-1 Bge-Mir-1 Bla-Mir-1 Cbr-Mir-1 Cel-Mir-1 Cgi-Mir-1 Cin-Mir-1 Cte-Mir-1 Dan-Mir-1 Dma-Mir-1 Dme-Mir-1 Dmo-Mir-1 Dpu-Mir-1 Dsi-Mir-1 Dya-Mir-1 Esc-Mir-1 Hme-Mir-1 Isc-Mir-1 Lan-Mir-1 Lgi-Mir-1 Obi-Mir-1 Ovu-Mir-1 Pfl-Mir-1 Pmi-Mir-1 Sko-Mir-1 Spu-Mir-1 Tca-Mir-1 Xbo-Mir-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | S. mediterranea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Sme_GCA_002600895.1_ASM260089v1_alt) |
NNSW01000241_dd_Smes_g4_241: 658560-658620 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1-P25) |
Mir-1-P26
NNSW01000241_dd_Smes_g4_241: 653765-653818 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-1-P25 NNSW01000241_dd_Smes_g4_241: 658560-658620 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUGAAAUUUCAUUUUCCAACAACACACGGGCAUAAUUCAAGAUAUUCGAUAGGGUUUUUGGUAACUAAUGGAAUGUCGUGAAUUAUGGUCUUCAUUGUUGGUAAACUUCGAAAUUCAGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUGAAAUUUCAUUUUC---| CACAC G A G AGGGUUUU CAACAA GG CAUAAUUCA GAUAUUC AU \ GUUGUU CU GUAUUAAGU CUGUAAG UA U UUGACUUAAAGCUUCAAAUG^ ACUU- G G G AUCAAUGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Sme-Mir-1-P25_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0012091 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCAUAAUUCAAGAUAUUCGAUA -22
Get sequence
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Mature sequence | Sme-Mir-1-P25_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003961 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UGGAAUGUCGUGAAUUAUGGUC -61
Get sequence
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