Mir-101-P2b-v2

MirGeneDB ID

Xla-Mir-101-P2b-v2

Family name

MIR-101 (all species)

Seed

UACAGUA

Species

African clawed frog (Xenopus laevis)

MiRBase ID

Paralogues

Xla-Mir-101-P1a-v1 Xla-Mir-101-P1a-v2 Xla-Mir-101-P1b-v1 Xla-Mir-101-P1b-v2 Xla-Mir-101-P2a-v1 Xla-Mir-101-P2a-v2 Xla-Mir-101-P2b-v1

Orthologues

Aca-Mir-101-P2-v1 Aca-Mir-101-P2-v2 Ami-Mir-101-P2-v1 Ami-Mir-101-P2-v2 Bta-Mir-101-P2-v1 Bta-Mir-101-P2-v2 Cfa-Mir-101-P2-v1 Cfa-Mir-101-P2-v2 Cja-Mir-101-P2-v1 Cja-Mir-101-P2-v2 Cli-Mir-101-P2-v1 Cli-Mir-101-P2-v2 Cmi-Mir-101-P2-v1 Cmi-Mir-101-P2-v2 Cpi-Mir-101-P2-v1 Cpi-Mir-101-P2-v2 Cpo-Mir-101-P2-v1 Cpo-Mir-101-P2-v2 Dno-Mir-101-P2-v1 Dno-Mir-101-P2-v2 Dre-Mir-101-P2-v1 Dre-Mir-101-P2-v2 Eca-Mir-101-P2-v1 Eca-Mir-101-P2-v2 Ete-Mir-101-P2-v1 Ete-Mir-101-P2-v2 Gga-Mir-101-P2-v1 Gga-Mir-101-P2-v2 Gja-Mir-101-P2-v1 Gja-Mir-101-P2-v2 Gmo-Mir-101-P2-v1 Gmo-Mir-101-P2-v2 Hsa-Mir-101-P2-v1 Hsa-Mir-101-P2-v2 Laf-Mir-101-P2-v1 Laf-Mir-101-P2-v2 Lch-Mir-101-P2 Loc-Mir-101-P2-v1 Loc-Mir-101-P2-v2 Mal-Mir-101-P2-v1 Mal-Mir-101-P2-v2 Mdo-Mir-101-P2-v1 Mdo-Mir-101-P2-v2 Mml-Mir-101-P2-v1 Mml-Mir-101-P2-v2 Mmr-Mir-101-P2-v1 Mmr-Mir-101-P2-v2 Mmu-Mir-101-P2-v1 Mmu-Mir-101-P2-v2 Mun-Mir-101-P2-v1 Mun-Mir-101-P2-v2 Neu-Mir-101-P2-v1 Neu-Mir-101-P2-v2 Oan-Mir-101-P2-v1 Oan-Mir-101-P2-v2 Ocu-Mir-101-P2-v1 Ocu-Mir-101-P2-v2 Pab-Mir-101-P2-v1 Pab-Mir-101-P2-v2 Pbv-Mir-101-P2-v1 Pbv-Mir-101-P2-v2 Rno-Mir-101-P2-v1 Rno-Mir-101-P2-v2 Sha-Mir-101-P2-v1 Sha-Mir-101-P2-v2 Spt-Mir-101-P2 Sto-Mir-101-P2-v1 Sto-Mir-101-P2-v2 Tgu-Mir-101-P2-v1 Tgu-Mir-101-P2-v2 Tni-Mir-101-P2-v1 Tni-Mir-101-P2-v2 Xtr-Mir-101-P2-v1 Xtr-Mir-101-P2-v2

Node of Origin (locus)

X. laevis

Node of Origin (family)

Vertebrata

Genome context
(GCF_001663975.1_XLA_v2)

NW_016694889.1: 314987-315043 [-] UCSC Ensembl

Precursor
(pre-Mir +30nt flank)

GAUAGAGUCUGAAUGUGAACUGUCCUUUUUCGGUUAUCAUGGUACCGUUGCUGUGUAUAUGAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGAAUGGUGGUGCCAUCAAAAGACUGAAGGC

Get precursor sequence

Structure

        10          20        30        40        50        
GAUAGAGUCUGAAUGUGA--| UG  C                    C  U   GUGUA 
                    AC  UC UUUUUCGGUUAUCAUGGUAC GU GCU     U
                    UG  GG AAGAAGUCAAUAGUGUCAUG CA UGG     A
CGGAAGUCAGAAAACUACCG^ GU  U                    A  -   AAAGU 
     110       100        90        80        70         60

Deep sequencing

Go to detailed chart

3' NTU

Motifs

UGUG in loop

Tissue expression

Em

Star sequence

Xla-Mir-101-P2b-v2_5p* (predicted)

mirBase accession

None

Sequence

0- CGGUUAUCAUGGUACCGUUGCUG -23

Get sequence

Mature sequence

Xla-Mir-101-P2b-v2_3p

mirBase accession

None

Sequence

35- GUACAGUACUGUGAUAACUGAA -57

Get sequence