MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Gmo-Mir-101-P2-v1

Family name MIR-101 (all species)
Seed ACAGUAC
Species Cod (Gadus morhua)
MiRBase ID gmo-mir-101b
Paralogues Gmo-Mir-101-P1-v1  Gmo-Mir-101-P1-v2  Gmo-Mir-101-P2-v2 
Orthologues Aca-Mir-101-P2-v1  Aca-Mir-101-P2-v2  Ami-Mir-101-P2-v1  Ami-Mir-101-P2-v2  Bta-Mir-101-P2-v1  Bta-Mir-101-P2-v2  Cfa-Mir-101-P2-v1  Cfa-Mir-101-P2-v2  Cja-Mir-101-P2-v1  Cja-Mir-101-P2-v2  Cli-Mir-101-P2-v1  Cli-Mir-101-P2-v2  Cmi-Mir-101-P2-v1  Cmi-Mir-101-P2-v2  Cpi-Mir-101-P2-v1  Cpi-Mir-101-P2-v2  Cpo-Mir-101-P2-v1  Cpo-Mir-101-P2-v2  Dno-Mir-101-P2-v1  Dno-Mir-101-P2-v2  Dre-Mir-101-P2-v1  Dre-Mir-101-P2-v2  Eca-Mir-101-P2-v1  Eca-Mir-101-P2-v2  Ete-Mir-101-P2-v1  Ete-Mir-101-P2-v2  Gga-Mir-101-P2-v1  Gga-Mir-101-P2-v2  Gja-Mir-101-P2-v1  Gja-Mir-101-P2-v2  Hsa-Mir-101-P2-v1  Hsa-Mir-101-P2-v2  Laf-Mir-101-P2-v1  Laf-Mir-101-P2-v2  Lch-Mir-101-P2  Loc-Mir-101-P2-v1  Loc-Mir-101-P2-v2  Mal-Mir-101-P2-v1  Mal-Mir-101-P2-v2  Mdo-Mir-101-P2-v1  Mdo-Mir-101-P2-v2  Mml-Mir-101-P2-v1  Mml-Mir-101-P2-v2  Mmr-Mir-101-P2-v1  Mmr-Mir-101-P2-v2  Mmu-Mir-101-P2-v1  Mmu-Mir-101-P2-v2  Mun-Mir-101-P2-v1  Mun-Mir-101-P2-v2  Neu-Mir-101-P2-v1  Neu-Mir-101-P2-v2  Oan-Mir-101-P2-v1  Oan-Mir-101-P2-v2  Ocu-Mir-101-P2-v1  Ocu-Mir-101-P2-v2  Pab-Mir-101-P2-v1  Pab-Mir-101-P2-v2  Pbv-Mir-101-P2-v1  Pbv-Mir-101-P2-v2  Rno-Mir-101-P2-v1  Rno-Mir-101-P2-v2  Sha-Mir-101-P2-v1  Sha-Mir-101-P2-v2  Spt-Mir-101-P2  Sto-Mir-101-P2-v1  Sto-Mir-101-P2-v2  Tgu-Mir-101-P2-v1  Tgu-Mir-101-P2-v2  Tni-Mir-101-P2-v1  Tni-Mir-101-P2-v2  Xla-Mir-101-P2a-v1  Xla-Mir-101-P2a-v2  Xla-Mir-101-P2b-v1  Xla-Mir-101-P2b-v2  Xtr-Mir-101-P2-v1  Xtr-Mir-101-P2-v2 
Node of Origin (locus) Vertebrata
Node of Origin (family) Vertebrata
Genome context
(Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel)		 GeneScaffold_3576: 29659-29717 [+] UCSC Ensembl
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-101-P2-v1)		 Mir-101-P2-v1 GeneScaffold_3576: 29659-29717 [+] UCSC Ensembl
Mir-101-P2-v2 GeneScaffold_3576: 29660-29716 [+] UCSC Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
CGCACCACAAGGACUAUGAACUGUCCAUUUUCAGUUAUCAUGGUACCGGUGCUGUGUCCUUCUAAAGUACAGUACUAUGAUAACUGAAGAUUGGCAGUGCCAUCGCAAGGCACCACCCG
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50         
CGCACCACAAGGACUAUGA--|     C                    CG     GUGUC 
                     ACUGUC AUUUUCAGUUAUCAUGGUAC  GUGCU     C
                     UGACGG UAGAAGUCAAUAGUAUCAUG  CAUGA     U
GCCCACCACGGAACGCUACCG^     U                    A-     AAUCU 
       110       100        90        80         70        60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsUG at 5p(-14), UGUG in loop
Tissue expression
-   +
Br Gi He In Li Sk Sp Wh
Star sequence

Gmo-Mir-101-P2-v1_5p*
mirBase accessionMIMAT0044231
Sequence 
0- UCAGUUAUCAUGGUACCGGUGCU -23
Get sequence
Mature sequence

Gmo-Mir-101-P2-v1_3p
mirBase accessionMIMAT0044232
Sequence 
37- UACAGUACUAUGAUAACUGAAG -59
Get sequence