Mir-101-P2-v2

MirGeneDB ID

Ami-Mir-101-P2-v2

Family name

MIR-101 (all species)

Seed

UACAGUA

Species

American alligator (Alligator mississippiensis)

MiRBase ID

ami-mir-101-2

Paralogues

Ami-Mir-101-P1-v1 Ami-Mir-101-P1-v2 Ami-Mir-101-P2-v1

Orthologues

Aca-Mir-101-P2-v1 Aca-Mir-101-P2-v2 Bta-Mir-101-P2-v1 Bta-Mir-101-P2-v2 Cfa-Mir-101-P2-v1 Cfa-Mir-101-P2-v2 Cja-Mir-101-P2-v1 Cja-Mir-101-P2-v2 Cli-Mir-101-P2-v1 Cli-Mir-101-P2-v2 Cmi-Mir-101-P2-v1 Cmi-Mir-101-P2-v2 Cpi-Mir-101-P2-v1 Cpi-Mir-101-P2-v2 Cpo-Mir-101-P2-v1 Cpo-Mir-101-P2-v2 Dno-Mir-101-P2-v1 Dno-Mir-101-P2-v2 Dre-Mir-101-P2-v1 Dre-Mir-101-P2-v2 Eca-Mir-101-P2-v1 Eca-Mir-101-P2-v2 Ete-Mir-101-P2-v1 Ete-Mir-101-P2-v2 Gga-Mir-101-P2-v1 Gga-Mir-101-P2-v2 Gja-Mir-101-P2-v1 Gja-Mir-101-P2-v2 Gmo-Mir-101-P2-v1 Gmo-Mir-101-P2-v2 Hsa-Mir-101-P2-v1 Hsa-Mir-101-P2-v2 Laf-Mir-101-P2-v1 Laf-Mir-101-P2-v2 Lch-Mir-101-P2 Loc-Mir-101-P2-v1 Loc-Mir-101-P2-v2 Mal-Mir-101-P2-v1 Mal-Mir-101-P2-v2 Mdo-Mir-101-P2-v1 Mdo-Mir-101-P2-v2 Mml-Mir-101-P2-v1 Mml-Mir-101-P2-v2 Mmr-Mir-101-P2-v1 Mmr-Mir-101-P2-v2 Mmu-Mir-101-P2-v1 Mmu-Mir-101-P2-v2 Mun-Mir-101-P2-v1 Mun-Mir-101-P2-v2 Neu-Mir-101-P2-v1 Neu-Mir-101-P2-v2 Oan-Mir-101-P2-v1 Oan-Mir-101-P2-v2 Ocu-Mir-101-P2-v1 Ocu-Mir-101-P2-v2 Pab-Mir-101-P2-v1 Pab-Mir-101-P2-v2 Pbv-Mir-101-P2-v1 Pbv-Mir-101-P2-v2 Rno-Mir-101-P2-v1 Rno-Mir-101-P2-v2 Sha-Mir-101-P2-v1 Sha-Mir-101-P2-v2 Spt-Mir-101-P2 Sto-Mir-101-P2-v1 Sto-Mir-101-P2-v2 Tgu-Mir-101-P2-v1 Tgu-Mir-101-P2-v2 Tni-Mir-101-P2-v1 Tni-Mir-101-P2-v2 Xla-Mir-101-P2a-v1 Xla-Mir-101-P2a-v2 Xla-Mir-101-P2b-v1 Xla-Mir-101-P2b-v2 Xtr-Mir-101-P2-v1 Xtr-Mir-101-P2-v2

Node of Origin (locus)

Vertebrata

Node of Origin (family)

Vertebrata

Genome context
(GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add)

NW_017713772.1: 32263712-32263768 [+] UCSC

Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-101-P2-v2)

Mir-101-P2-v1 NW_017713772.1: 32263711-32263769 [+] UCSC
Mir-101-P2-v2 NW_017713772.1: 32263712-32263768 [+] UCSC

Precursor
(pre-Mir +30nt flank)

GUAUCAAUUAGACCAUGAACUGUCCUUUUUCGGUUAUCAUGGUACCGGUGCUGUAUACGUGAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGAAUGAUGGUGCCAUCACAUGAGAGCUUUG

Get precursor sequence

Structure

        10          20        30        40        50        
GUAUCAAUUAGACCAUGA--|     C                    CG     GUAUA 
                    ACUGUC UUUUUCGGUUAUCAUGGUAC  GUGCU     C
                    UGGUAG AAGAAGUCAAUAGUGUCAUG  CAUGG     G
GUUUCGAGAGUACACUACCG^     U                    A-     AAAGU 
     110       100        90        80        70         60