| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-193-P1e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACUGGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | bfl-mir-193a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-193-P1j Bfl-Mir-193-P1k Bfl-Mir-193-P1o1a Bfl-Mir-193-P1o1b Bfl-Mir-193-P1o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-193-P1 Bge-Mir-193-P1 Bla-Mir-193-P1e Cbr-Mir-193-P1-v1 Cbr-Mir-193-P1-v2 Cel-Mir-193-P1-v1 Cel-Mir-193-P1-v2 Cgi-Mir-193-P1 Cte-Mir-193-P1 Dan-Mir-193-P1-v1 Dan-Mir-193-P1-v2 Dan-Mir-193-P1-v3 Dan-Mir-193-P1-v4 Dma-Mir-193-P1 Dme-Mir-193-P1-v1 Dme-Mir-193-P1-v2 Dme-Mir-193-P1-v3 Dme-Mir-193-P1-v4 Dmo-Mir-193-P1-v1 Dmo-Mir-193-P1-v2 Dmo-Mir-193-P1-v3 Dmo-Mir-193-P1-v4 Dpu-Mir-193-P1 Dsi-Mir-193-P1-v1 Dsi-Mir-193-P1-v2 Dsi-Mir-193-P1-v3 Dsi-Mir-193-P1-v4 Dya-Mir-193-P1-v1 Dya-Mir-193-P1-v2 Dya-Mir-193-P1-v3 Dya-Mir-193-P1-v4 Esc-Mir-193-P1 Hme-Mir-193-P1 Isc-Mir-193-P1 Lgi-Mir-193-P1 Npo-Mir-193-P1 Obi-Mir-193-P1 Ovu-Mir-193-P1 Pma-Mir-193-P1 Pmi-Mir-193-P1 Tca-Mir-193-P1 Xbo-Mir-193-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049981.1: 21537097-21537155 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAACUUAGUCAGACAGCACGCAUGCUCAAUAAAGACUUCAGGGGACAGUCGGUGUCUAGCAGUUUCCUACUGGCCCCUUAAGUCCCGGUUGACGUUCGUGAAUCGGUCAAGCGUACCUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GAACUUAGUCAGACAGC---| C C AAA C A C UGUCUA ACG AUG UCAAU GACUU AGGGG CAGU GG \ UGC UGC AGUUG CUGAA UCCCC GUCA CC G CUCCAUGCGAACUGGCUAAG^ U - GCC U G U UUUGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Bfl-Mir-193-P1e_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAGACUUCAGGGGACAGUCGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Bfl-Mir-193-P1e_3p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0009490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACUGGCCCCUUAAGUCCCGGU -59
Get sequence
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