MirGeneDB ID | Bfl-Mir-4868-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-4868 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGCUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-4868c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bfl-Mir-4868-P1 Bfl-Mir-4868-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049994.1: 9332985-9333043 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4868-P3) |
Mir-22-P2c
NC_049994.1: 9332985-9333043 [+]
UCSC
Mir-4868-P3 NC_049994.1: 9332985-9333043 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGCUGAUGAUGUGUACUGCUCAUGUCAGUACUGGUGAGUCUGGAUGCUGAUGAUAUGUUAGUUCCCAUCAGCUCCAAGGCUGAUCAGUAGUGAUGUGAGAUCUACUCGACGUUGUAUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGCUGAUGAUGUGUACUG-- G G -| U AUAUGU CUCAUGUCA UACUGGU AGUC UGGA GCUGAUG \ GAGUGUAGU AUGACUA UCGG ACCU CGACUAC U CUUAUGUUGCAGCUCAUCUA G G A^ - CCUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Bfl-Mir-4868-P3_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0020106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUGGUGAGUCUGGAUGCUGAUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Bfl-Mir-4868-P3_3p |
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mirBase accession | MIMAT0020107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UCAGCUCCAAGGCUGAUCAGUA -59
Get sequence
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