MirGeneDB ID | Cbr-Mir-230 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-230 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUUGGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis briggsae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cbr-mir-230 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cel-Mir-230 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (CB4) |
X: 11132721-11132785 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-230) |
Mir-230
X: 11132721-11132785 [+]
Ensembl
Mir-7580-P2 X: 11135472-11135533 [-] Ensembl Mir-7580-P1 X: 11141279-11141340 [+] Ensembl Mir-791 X: 11146148-11146211 [+] Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUUUCUCAUAUAAUAAAAUGCCUUACCGAUACUUGGUCGACAAUUUAAUAGUAUCUGAUUAAUUGAUGGAUAGUAUUAGUUGUGCGACCAGGAAAUGGUAUGAGCAUUUCAAUUUGAAGAAAUUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUUUCUCAUAUAAUAAA- CU- AUA -| U G UCUGAUUA AUGC UACCG CUUGGUCG ACAAUU AAUA UA \ UACG AUGGU GGACCAGC UGUUGA UUAU AU A CUUAAAGAAGUUUAACUU AGU AAA G^ - G AGGUAGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cbr-Mir-230_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUUGGUCGACAAUUUAAUAGUA -23
Get sequence
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Co-mature sequence | Cbr-Mir-230_3p |
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mirBase accession | MIMAT0000496 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- GUAUUAGUUGUGCGACCAGGAAA -65
Get sequence
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