MirGeneDB ID | Cel-Mir-5594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-5594 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGAGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-5594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrII: 11865130-11865187 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-5594) |
Mir-355
chrII: 11833564-11833623 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-5594 chrII: 11865130-11865187 [-] UCSC Ensembl Mir-279-P11 chrII: 11880959-11881025 [-] UCSC Ensembl Mir-36-P8 chrII: 11889823-11889891 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o4 chrII: 11889930-11889992 [+] UCSC Ensembl Mir-279-P10 chrII: 11890038-11890103 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUGCCUACUGCGAAAAUGUGUGCGCCUUUGAAGAGUACUGUAGUUUCAAAAUUUCAUUGAUUAAAAUUUUGAACUACAGUACUCUUCAAAAGCUUUUUCACAUUUAACAUUUCUUGUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUGCCUACUGCGAAAAUGUGUGC--| C U UUCAUU GC UUUGAAGAGUACUGUAGUU CAAAAU \ CG AAACUUCUCAUGACAUCAA GUUUUA G CUGUUCUUUACAAUUUACACUUUUU^ A - AAAUUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cel-Mir-5594_5p |
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mirBase accession | MIMAT0022309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAGAGUACUGUAGUUUCAAAAU -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Cel-Mir-5594_3p |
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mirBase accession | MIMAT0022310 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UUUGAACUACAGUACUCUUCA -58
Get sequence
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