MirGeneDB ID | Cel-Mir-64-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-64 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Roundworm (Caenorhabditis elegans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cel-mir-66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cel-Mir-64-P1 Cel-Mir-64-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cbr-Mir-64-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. elegans | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Caenorhabditis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (ce11) |
chrIII: 2173124-2173188 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-64-P3) |
Mir-229
chrIII: 2172459-2172561 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-64-P1 chrIII: 2172869-2172936 [+] UCSC Ensembl Mir-64-P2 chrIII: 2173019-2173080 [+] UCSC Ensembl Mir-64-P3 chrIII: 2173124-2173188 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAUUAAAAAACGGCCACAAAAAUGCCAUACAUGACACUGAUUAGGGAUGUGAUGAAUGUUAAGAUCCCGAUCAAAUUCCUAACGGUGUCAAACAUGGCGUAUGUGGUUGUAGUUGGUGAGCUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAUUAAAAAACGGCCA--| AAA ACA A G UGAAUGUU CA AUGCCAU UGACACUG UUAGGGAU UGA A GU UGCGGUA ACUGUGGC AAUCCUUA ACU A UUUCGAGUGGUUGAUGUUG^ GUA CAA - A AGCCCUAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Dicer cut +2 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cel-Mir-64-P3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000038 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUGACACUGAUUAGGGAUGUGA -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000038 TargetScanWorm: cel-miR-66 |
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Star sequence | Cel-Mir-64-P3_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0020315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
43- AAAUUCCUAACGGUGUCAAACA -65
Get sequence
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