| MirGeneDB ID | Cja-Mir-1296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1296 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAGGGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1296 Cfa-Mir-1296 Cpo-Mir-1296 Dno-Mir-1296 Eca-Mir-1296 Ete-Mir-1296 Hsa-Mir-1296 Laf-Mir-1296 Mml-Mir-1296 Mmr-Mir-1296 Ocu-Mir-1296 Pab-Mir-1296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021926.1: 63683976-63684040 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGAAAUCAACGAAUCACCUACCUAACUGGGUUAGGGCCCUGGCUCCAUCUCCUUUAGGAAAACCUUCUGUGGGGAGUGGGGCUUCGACCCUAACCCAGGUGGGCUGUAACACUGCUGUAUUUUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAAAUCAACGAAUCACCUA--| A CCCU U UUUAGGAAA CCUA CUGGGUUAGGG GGCUCCA CUCC A GGGU GACCCAAUCCC UCGGGGU GAGG C UCUUUUAUGUCGUCACAAUGUC^ G AGCU - GGUGUCUUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cja-Mir-1296_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAGGGCCCUGGCUCCAUCUCC -22
Get sequence
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| Star sequence | Cja-Mir-1296_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- AGUGGGGCUUCGACCCUAACC -65
Get sequence
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