| MirGeneDB ID | Laf-Mir-1296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1296 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAGGGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1296 Cfa-Mir-1296 Cja-Mir-1296 Cpo-Mir-1296 Dno-Mir-1296 Eca-Mir-1296 Ete-Mir-1296 Hsa-Mir-1296 Mml-Mir-1296 Mmr-Mir-1296 Ocu-Mir-1296 Pab-Mir-1296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010037.1: 44969501-44969565 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGAAAUCACCGAAUCACCUGCCUAACUGGGUUAGGGCCCUGGCUCCAUCUCCUUUAGGAAAACCUUCUGUGGGGAGUGGGGCUUUGACCCUAACCCAGCUGGGCUGUAACACUGCUGCAUUUUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAAAUCACCGAAUCACCU-- A CCCU -| UUUAGGAA GCCUA CUGGGUUAGGG GGCUCCA UCUCC A CGGGU GACCCAAUCCC UCGGGGU AGGGG A UCUUUUACGUCGUCACAAUGU C AGUU G^ UGUCUUCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-1296_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAGGGCCCUGGCUCCAUCUCC -22
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-1296_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- GAGUGGGGCUUUGACCCUAACC -65
Get sequence
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