MirGeneDB 3.0

MirGeneDB ID

Cli-Mir-142-P2-v2

Family name

MIR-142 (all species)

Seed

Species

Rock pigeon (Columba livia)

MiRBase ID

cli-mir-142

Paralogues

Cli-Mir-142-P2-v1 Cli-Mir-142-P2-v3 Cli-Mir-142-P2-v4

Orthologues

Ami-Mir-142-P2-v1 Ami-Mir-142-P2-v2 Ami-Mir-142-P2-v3 Ami-Mir-142-P2-v4 Bta-Mir-142-P2-v1 Bta-Mir-142-P2-v2 Bta-Mir-142-P2-v3 Bta-Mir-142-P2-v4 Cfa-Mir-142-P2-v1 Cfa-Mir-142-P2-v2 Cfa-Mir-142-P2-v3 Cfa-Mir-142-P2-v4 Cja-Mir-142-P2-v1 Cja-Mir-142-P2-v2 Cja-Mir-142-P2-v3 Cja-Mir-142-P2-v4 Cmi-Mir-142-P2-v1 Cmi-Mir-142-P2-v2 Cmi-Mir-142-P2-v3 Cmi-Mir-142-P2-v4 Cpi-Mir-142-P2-v1 Cpi-Mir-142-P2-v2 Cpi-Mir-142-P2-v3 Cpi-Mir-142-P2-v4 Cpo-Mir-142-P2-v1 Cpo-Mir-142-P2-v2 Cpo-Mir-142-P2-v3 Cpo-Mir-142-P2-v4 Dno-Mir-142-P2-v1 Dno-Mir-142-P2-v2 Dno-Mir-142-P2-v3 Dno-Mir-142-P2-v4 Dre-Mir-142-P2-v1 Dre-Mir-142-P2-v2 Dre-Mir-142-P2-v3 Dre-Mir-142-P2-v4 Eca-Mir-142-P2-v1 Eca-Mir-142-P2-v2 Eca-Mir-142-P2-v3 Eca-Mir-142-P2-v4 Ete-Mir-142-P2-v1 Ete-Mir-142-P2-v2 Ete-Mir-142-P2-v3 Ete-Mir-142-P2-v4 Gga-Mir-142-P2-v1 Gga-Mir-142-P2-v2 Gga-Mir-142-P2-v3 Gga-Mir-142-P2-v4 Gmo-Mir-142-P2-v1 Gmo-Mir-142-P2-v2 Gmo-Mir-142-P2-v3 Gmo-Mir-142-P2-v4 Hsa-Mir-142-P2-v1 Hsa-Mir-142-P2-v2 Hsa-Mir-142-P2-v3 Hsa-Mir-142-P2-v4 Lch-Mir-142-P2 Loc-Mir-142-P2-v1 Loc-Mir-142-P2-v2 Loc-Mir-142-P2-v3 Loc-Mir-142-P2-v4 Mal-Mir-142-P2-v1 Mal-Mir-142-P2-v2 Mal-Mir-142-P2-v3 Mal-Mir-142-P2-v4 Mdo-Mir-142-P2-v1 Mdo-Mir-142-P2-v2 Mdo-Mir-142-P2-v3 Mdo-Mir-142-P2-v4 Mml-Mir-142-P2-v1 Mml-Mir-142-P2-v2 Mml-Mir-142-P2-v3 Mml-Mir-142-P2-v4 Mmr-Mir-142-P2-v1 Mmr-Mir-142-P2-v2 Mmr-Mir-142-P2-v3 Mmr-Mir-142-P2-v4 Mmu-Mir-142-P2-v1 Mmu-Mir-142-P2-v2 Mmu-Mir-142-P2-v3 Mmu-Mir-142-P2-v4 Neu-Mir-142-P2-v1 Neu-Mir-142-P2-v2 Neu-Mir-142-P2-v3 Neu-Mir-142-P2-v4 Oan-Mir-142-P2-v1 Oan-Mir-142-P2-v2 Oan-Mir-142-P2-v3 Oan-Mir-142-P2-v4 Ocu-Mir-142-P2-v1 Ocu-Mir-142-P2-v2 Ocu-Mir-142-P2-v3 Ocu-Mir-142-P2-v4 Pab-Mir-142-P2-v1 Pab-Mir-142-P2-v2 Pab-Mir-142-P2-v3 Pab-Mir-142-P2-v4 Rno-Mir-142-P2-v1 Rno-Mir-142-P2-v2 Rno-Mir-142-P2-v3 Rno-Mir-142-P2-v4 Sha-Mir-142-P2-v1 Sha-Mir-142-P2-v2 Sha-Mir-142-P2-v3 Sha-Mir-142-P2-v4 Spt-Mir-142-P2 Sto-Mir-142-P2-v1 Sto-Mir-142-P2-v2 Sto-Mir-142-P2-v3 Sto-Mir-142-P2-v4 Tgu-Mir-142-P2-v1 Tgu-Mir-142-P2-v2 Tgu-Mir-142-P2-v3 Tgu-Mir-142-P2-v4 Tni-Mir-142-P2-v1 Tni-Mir-142-P2-v2 Tni-Mir-142-P2-v3 Tni-Mir-142-P2-v4 Xla-Mir-142-P2a1-v1 Xla-Mir-142-P2a1-v2 Xla-Mir-142-P2a1-v3 Xla-Mir-142-P2a1-v4 Xla-Mir-142-P2a2-v1 Xla-Mir-142-P2a2-v2 Xla-Mir-142-P2a2-v3 Xla-Mir-142-P2a2-v4 Xla-Mir-142-P2b1-v1 Xla-Mir-142-P2b1-v2 Xla-Mir-142-P2b1-v3 Xla-Mir-142-P2b1-v4 Xla-Mir-142-P2b2-v1 Xla-Mir-142-P2b2-v2 Xla-Mir-142-P2b2-v3 Xla-Mir-142-P2b2-v4 Xtr-Mir-142-P2a-v1 Xtr-Mir-142-P2a-v2 Xtr-Mir-142-P2a-v3 Xtr-Mir-142-P2a-v4 Xtr-Mir-142-P2b-v1 Xtr-Mir-142-P2b-v2 Xtr-Mir-142-P2b-v3 Xtr-Mir-142-P2b-v4

Node of Origin (locus)

Gnathostomata

Node of Origin (family)

Vertebrata

Genome context
(colLiv2)

scaffold281: 47104-47163 [+]

Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-142-P2-v2)

Mir-142-P2-v4 scaffold281: 47102-47165 [+]
Mir-142-P2-v1 scaffold281: 47104-47163 [+]
Mir-142-P2-v2 scaffold281: 47104-47163 [+]
Mir-142-P2-v3 scaffold281: 47104-47163 [+]

Precursor
(pre-Mir +30nt flank)

GGACACCGACUGAGAGACAGUGCAGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACAGCACUGCAGGGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGGGCUACGGAGAAGAGAG

Get precursor sequence

Structure

        10          20        30        40        50         
GGACACCGACUGAGAGA--|      G   C           A         UAAACAGC 
                   CAGUGCA UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC        A
                   GUCAUGU AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG        C
GAGAGAAGAGGCAUCGGGU^      G   A           C         UGGGACGU 
.       110       100        90        80        70        60

Deep sequencing

Go to detailed chart

3' NTU

No

Motifs

CNNC at 3p(+17)

Tissue expression

-

+

Li	Mi	Ov	Pe	Te	To

Star sequence

Cli-Mir-142-P2-v2_5p*

mirBase accession

Sequence

0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUA -22

Get sequence

Mature sequence

Cli-Mir-142-P2-v2_3p

mirBase accession

Sequence

38- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60

Get sequence