MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Cpo-Mir-142-P2-v1

Family name MIR-142 (all species)
Seed AUAAAGU
Species Guinea pig (Cavia porcellus)
MiRBase ID cpo-mir-142
Paralogues Cpo-Mir-142-P2-v2  Cpo-Mir-142-P2-v3  Cpo-Mir-142-P2-v4 
Orthologues Ami-Mir-142-P2-v1  Ami-Mir-142-P2-v2  Ami-Mir-142-P2-v3  Ami-Mir-142-P2-v4  Bta-Mir-142-P2-v1  Bta-Mir-142-P2-v2  Bta-Mir-142-P2-v3  Bta-Mir-142-P2-v4  Cfa-Mir-142-P2-v1  Cfa-Mir-142-P2-v2  Cfa-Mir-142-P2-v3  Cfa-Mir-142-P2-v4  Cja-Mir-142-P2-v1  Cja-Mir-142-P2-v2  Cja-Mir-142-P2-v3  Cja-Mir-142-P2-v4  Cli-Mir-142-P2-v1  Cli-Mir-142-P2-v2  Cli-Mir-142-P2-v3  Cli-Mir-142-P2-v4  Cmi-Mir-142-P2-v1  Cmi-Mir-142-P2-v2  Cmi-Mir-142-P2-v3  Cmi-Mir-142-P2-v4  Cpi-Mir-142-P2-v1  Cpi-Mir-142-P2-v2  Cpi-Mir-142-P2-v3  Cpi-Mir-142-P2-v4  Dno-Mir-142-P2-v1  Dno-Mir-142-P2-v2  Dno-Mir-142-P2-v3  Dno-Mir-142-P2-v4  Dre-Mir-142-P2-v1  Dre-Mir-142-P2-v2  Dre-Mir-142-P2-v3  Dre-Mir-142-P2-v4  Eca-Mir-142-P2-v1  Eca-Mir-142-P2-v2  Eca-Mir-142-P2-v3  Eca-Mir-142-P2-v4  Ete-Mir-142-P2-v1  Ete-Mir-142-P2-v2  Ete-Mir-142-P2-v3  Ete-Mir-142-P2-v4  Gga-Mir-142-P2-v1  Gga-Mir-142-P2-v2  Gga-Mir-142-P2-v3  Gga-Mir-142-P2-v4  Gmo-Mir-142-P2-v1  Gmo-Mir-142-P2-v2  Gmo-Mir-142-P2-v3  Gmo-Mir-142-P2-v4  Hsa-Mir-142-P2-v1  Hsa-Mir-142-P2-v2  Hsa-Mir-142-P2-v3  Hsa-Mir-142-P2-v4  Lch-Mir-142-P2  Loc-Mir-142-P2-v1  Loc-Mir-142-P2-v2  Loc-Mir-142-P2-v3  Loc-Mir-142-P2-v4  Mal-Mir-142-P2-v1  Mal-Mir-142-P2-v2  Mal-Mir-142-P2-v3  Mal-Mir-142-P2-v4  Mdo-Mir-142-P2-v1  Mdo-Mir-142-P2-v2  Mdo-Mir-142-P2-v3  Mdo-Mir-142-P2-v4  Mml-Mir-142-P2-v1  Mml-Mir-142-P2-v2  Mml-Mir-142-P2-v3  Mml-Mir-142-P2-v4  Mmr-Mir-142-P2-v1  Mmr-Mir-142-P2-v2  Mmr-Mir-142-P2-v3  Mmr-Mir-142-P2-v4  Mmu-Mir-142-P2-v1  Mmu-Mir-142-P2-v2  Mmu-Mir-142-P2-v3  Mmu-Mir-142-P2-v4  Neu-Mir-142-P2-v1  Neu-Mir-142-P2-v2  Neu-Mir-142-P2-v3  Neu-Mir-142-P2-v4  Oan-Mir-142-P2-v1  Oan-Mir-142-P2-v2  Oan-Mir-142-P2-v3  Oan-Mir-142-P2-v4  Ocu-Mir-142-P2-v1  Ocu-Mir-142-P2-v2  Ocu-Mir-142-P2-v3  Ocu-Mir-142-P2-v4  Pab-Mir-142-P2-v1  Pab-Mir-142-P2-v2  Pab-Mir-142-P2-v3  Pab-Mir-142-P2-v4  Rno-Mir-142-P2-v1  Rno-Mir-142-P2-v2  Rno-Mir-142-P2-v3  Rno-Mir-142-P2-v4  Sha-Mir-142-P2-v1  Sha-Mir-142-P2-v2  Sha-Mir-142-P2-v3  Sha-Mir-142-P2-v4  Spt-Mir-142-P2  Sto-Mir-142-P2-v1  Sto-Mir-142-P2-v2  Sto-Mir-142-P2-v3  Sto-Mir-142-P2-v4  Tgu-Mir-142-P2-v1  Tgu-Mir-142-P2-v2  Tgu-Mir-142-P2-v3  Tgu-Mir-142-P2-v4  Tni-Mir-142-P2-v1  Tni-Mir-142-P2-v2  Tni-Mir-142-P2-v3  Tni-Mir-142-P2-v4  Xla-Mir-142-P2a1-v1  Xla-Mir-142-P2a1-v2  Xla-Mir-142-P2a1-v3  Xla-Mir-142-P2a1-v4  Xla-Mir-142-P2a2-v1  Xla-Mir-142-P2a2-v2  Xla-Mir-142-P2a2-v3  Xla-Mir-142-P2a2-v4  Xla-Mir-142-P2b1-v1  Xla-Mir-142-P2b1-v2  Xla-Mir-142-P2b1-v3  Xla-Mir-142-P2b1-v4  Xla-Mir-142-P2b2-v1  Xla-Mir-142-P2b2-v2  Xla-Mir-142-P2b2-v3  Xla-Mir-142-P2b2-v4  Xtr-Mir-142-P2a-v1  Xtr-Mir-142-P2a-v2  Xtr-Mir-142-P2a-v3  Xtr-Mir-142-P2a-v4  Xtr-Mir-142-P2b-v1  Xtr-Mir-142-P2b-v2  Xtr-Mir-142-P2b-v3  Xtr-Mir-142-P2b-v4 
Node of Origin (locus) Gnathostomata
Node of Origin (family) Vertebrata
Genome context
(cavPor3)		 scaffold_53: 558172-558230 [+] UCSC
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-142-P2-v1)		 Mir-142-P2-v4 scaffold_53: 558170-558232 [+] UCSC
Mir-142-P2-v1 scaffold_53: 558172-558230 [+] UCSC
Mir-142-P2-v2 scaffold_53: 558172-558230 [+] UCSC
Mir-142-P2-v3 scaffold_53: 558172-558230 [+] UCSC
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
CACGACGGACAGACAGACAGUGCAGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAACAGCACUGGAGGGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGGGCUUCGGAGACCACGC
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50         
CACGACGGACAGACAGA--|      G   C           A         UAACAGCA 
                   CAGUGCA UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC        \
                   GUCAUGU AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG        C
CGCACCAGAGGCUUCGGGU^      G   A           C         UGGGAGGU 
       110       100        90        80        70        60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsCNNC at 3p(+17)
Tissue expression
-   +
Bl Bl Bl Bl Oo Oo Oo Oo To Wh
Mature sequence

Cpo-Mir-142-P2-v1_5p
mirBase accessionMIMAT0047008
Sequence 
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
Star sequence

Cpo-Mir-142-P2-v1_3p*
mirBase accessionMIMAT0047009
Sequence 
38- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -59
Get sequence