Mir-142-P2-v4

MirGeneDB ID

Sha-Mir-142-P2-v4

Family name

MIR-142 (all species)

Seed

CCAUAAA

Species

Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii)

MiRBase ID

sha-mir-142

Paralogues

Sha-Mir-142-P2-v1 Sha-Mir-142-P2-v2 Sha-Mir-142-P2-v3

Orthologues

Ami-Mir-142-P2-v1 Ami-Mir-142-P2-v2 Ami-Mir-142-P2-v3 Ami-Mir-142-P2-v4 Bta-Mir-142-P2-v1 Bta-Mir-142-P2-v2 Bta-Mir-142-P2-v3 Bta-Mir-142-P2-v4 Cfa-Mir-142-P2-v1 Cfa-Mir-142-P2-v2 Cfa-Mir-142-P2-v3 Cfa-Mir-142-P2-v4 Cja-Mir-142-P2-v1 Cja-Mir-142-P2-v2 Cja-Mir-142-P2-v3 Cja-Mir-142-P2-v4 Cli-Mir-142-P2-v1 Cli-Mir-142-P2-v2 Cli-Mir-142-P2-v3 Cli-Mir-142-P2-v4 Cmi-Mir-142-P2-v1 Cmi-Mir-142-P2-v2 Cmi-Mir-142-P2-v3 Cmi-Mir-142-P2-v4 Cpi-Mir-142-P2-v1 Cpi-Mir-142-P2-v2 Cpi-Mir-142-P2-v3 Cpi-Mir-142-P2-v4 Cpo-Mir-142-P2-v1 Cpo-Mir-142-P2-v2 Cpo-Mir-142-P2-v3 Cpo-Mir-142-P2-v4 Dno-Mir-142-P2-v1 Dno-Mir-142-P2-v2 Dno-Mir-142-P2-v3 Dno-Mir-142-P2-v4 Dre-Mir-142-P2-v1 Dre-Mir-142-P2-v2 Dre-Mir-142-P2-v3 Dre-Mir-142-P2-v4 Eca-Mir-142-P2-v1 Eca-Mir-142-P2-v2 Eca-Mir-142-P2-v3 Eca-Mir-142-P2-v4 Ete-Mir-142-P2-v1 Ete-Mir-142-P2-v2 Ete-Mir-142-P2-v3 Ete-Mir-142-P2-v4 Gga-Mir-142-P2-v1 Gga-Mir-142-P2-v2 Gga-Mir-142-P2-v3 Gga-Mir-142-P2-v4 Gmo-Mir-142-P2-v1 Gmo-Mir-142-P2-v2 Gmo-Mir-142-P2-v3 Gmo-Mir-142-P2-v4 Hsa-Mir-142-P2-v1 Hsa-Mir-142-P2-v2 Hsa-Mir-142-P2-v3 Hsa-Mir-142-P2-v4 Lch-Mir-142-P2 Loc-Mir-142-P2-v1 Loc-Mir-142-P2-v2 Loc-Mir-142-P2-v3 Loc-Mir-142-P2-v4 Mal-Mir-142-P2-v1 Mal-Mir-142-P2-v2 Mal-Mir-142-P2-v3 Mal-Mir-142-P2-v4 Mdo-Mir-142-P2-v1 Mdo-Mir-142-P2-v2 Mdo-Mir-142-P2-v3 Mdo-Mir-142-P2-v4 Mml-Mir-142-P2-v1 Mml-Mir-142-P2-v2 Mml-Mir-142-P2-v3 Mml-Mir-142-P2-v4 Mmr-Mir-142-P2-v1 Mmr-Mir-142-P2-v2 Mmr-Mir-142-P2-v3 Mmr-Mir-142-P2-v4 Mmu-Mir-142-P2-v1 Mmu-Mir-142-P2-v2 Mmu-Mir-142-P2-v3 Mmu-Mir-142-P2-v4 Neu-Mir-142-P2-v1 Neu-Mir-142-P2-v2 Neu-Mir-142-P2-v3 Neu-Mir-142-P2-v4 Oan-Mir-142-P2-v1 Oan-Mir-142-P2-v2 Oan-Mir-142-P2-v3 Oan-Mir-142-P2-v4 Ocu-Mir-142-P2-v1 Ocu-Mir-142-P2-v2 Ocu-Mir-142-P2-v3 Ocu-Mir-142-P2-v4 Pab-Mir-142-P2-v1 Pab-Mir-142-P2-v2 Pab-Mir-142-P2-v3 Pab-Mir-142-P2-v4 Rno-Mir-142-P2-v1 Rno-Mir-142-P2-v2 Rno-Mir-142-P2-v3 Rno-Mir-142-P2-v4 Spt-Mir-142-P2 Sto-Mir-142-P2-v1 Sto-Mir-142-P2-v2 Sto-Mir-142-P2-v3 Sto-Mir-142-P2-v4 Tgu-Mir-142-P2-v1 Tgu-Mir-142-P2-v2 Tgu-Mir-142-P2-v3 Tgu-Mir-142-P2-v4 Tni-Mir-142-P2-v1 Tni-Mir-142-P2-v2 Tni-Mir-142-P2-v3 Tni-Mir-142-P2-v4 Xla-Mir-142-P2a1-v1 Xla-Mir-142-P2a1-v2 Xla-Mir-142-P2a1-v3 Xla-Mir-142-P2a1-v4 Xla-Mir-142-P2a2-v1 Xla-Mir-142-P2a2-v2 Xla-Mir-142-P2a2-v3 Xla-Mir-142-P2a2-v4 Xla-Mir-142-P2b1-v1 Xla-Mir-142-P2b1-v2 Xla-Mir-142-P2b1-v3 Xla-Mir-142-P2b1-v4 Xla-Mir-142-P2b2-v1 Xla-Mir-142-P2b2-v2 Xla-Mir-142-P2b2-v3 Xla-Mir-142-P2b2-v4 Xtr-Mir-142-P2a-v1 Xtr-Mir-142-P2a-v2 Xtr-Mir-142-P2a-v3 Xtr-Mir-142-P2a-v4 Xtr-Mir-142-P2b-v1 Xtr-Mir-142-P2b-v2 Xtr-Mir-142-P2b-v3 Xtr-Mir-142-P2b-v4

Node of Origin (locus)

Gnathostomata

Node of Origin (family)

Vertebrata

Genome context
(DEVIL_add)

GL856813.1: 835381-835443 [+] UCSC Ensembl

Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-142-P2-v4)

Mir-142-P2-v4 GL856813.1: 835381-835443 [+] UCSC Ensembl
Mir-142-P2-v1 GL856813.1: 835383-835441 [+] UCSC Ensembl
Mir-142-P2-v2 GL856813.1: 835383-835441 [+] UCSC Ensembl
Mir-142-P2-v3 GL856813.1: 835383-835441 [+] UCSC Ensembl

Precursor
(pre-Mir +30nt flank)

ACAAACACAGACAGACAGACAGUGCAGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAACAGCAAUGUAGGGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGUACUGUGGGCUUCGGAGACACGCCGU

Get precursor sequence

Structure

        10          20        30        40        50        60 
ACAAACACAGACAGACAG--|       G   C           A         UAACAGCA 
                    ACAGUGCA UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC        \
                    UGUCAUGU AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG        A
UGCCGCACAGAGGCUUCGGG^       G   A           C         UGGGAUGU 
 120       110       100        90        80        70

Deep sequencing

Go to detailed chart

3' NTU

Motifs

Tissue expression

Bo	Br	He	Ki	Li	Ly	Pa	Sk	Sp	Te

Mature sequence

Sha-Mir-142-P2-v4_5p

mirBase accession

MIMAT0022816

Sequence

0- CCCAUAAAGUAGAAAGCACUAC -22

Get sequence

Star sequence

Sha-Mir-142-P2-v4_3p*

mirBase accession

None

Sequence

41- AGUGUUUCCUACUUUAUGGAUG -63

Get sequence