MirGeneDB ID | Dsi-Mir-955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-955 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dsi-mir-955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Dan-Mir-955 Dme-Mir-955 Dmo-Mir-955 Dya-Mir-955 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
3L: 3195958-3196020 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-955) |
Mir-282
3L: 3148587-3148651 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-955 3L: 3195958-3196020 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAGAACUCUUUUUGGCCAGCUAAUCAACUCCAUCGUGCAGAGGUUUGAGUGUCCUGUGUUUUGCCUAAUCGCAUUCAAUUUCUGCACGGUAGAGAUGGUACGCUUAGAAACAACCUAAAGAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGAACUCUUUUUGGCC--| UA A C U CCUGUGUU AGC AUCA CUC AUCGUGCAGAGGUU GAGUGU U UCG UGGU GAG UGGCACGUCUUUAA CUUACG U AAAGAAAUCCAACAAAGAU^ CA A A - CUAAUCCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dsi-Mir-955_5p |
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mirBase accession | MIMAT0012447 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CAUCGUGCAGAGGUUUGAGUGUC -23
Get sequence
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Star sequence | Dsi-Mir-955_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0012448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CAUUCAAUUUCUGCACGGUAGA -63
Get sequence
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