| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-219-P6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-219 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAUUGUC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-219-P5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-219 Aga-Mir-219 Agr-Mir-219 Bfl-Mir-219 Bge-Mir-219 Bko-Mir-219 Bla-Mir-219 Bpl-Mir-219 Cin-Mir-219 Csc-Mir-219 Cte-Mir-219 Dan-Mir-219 Dgr-Mir-219 Dlo-Mir-219 Dma-Mir-219 Dme-Mir-219 Dmo-Mir-219 Dpu-Mir-219 Dsi-Mir-219 Dya-Mir-219 Eba-Mir-219 Egr-Mir-219 Esc-Mir-219 Gpa-Mir-219 Gsa-Mir-219 Gsp-Mir-219 Hmi-Mir-219 Hru-Mir-219 Isc-Mir-219 Lan-Mir-219 Llo-Mir-219 Mgi-Mir-219 Mom-Mir-219 Obi-Mir-219 Ofu-Mir-219 Ovu-Mir-219 Pau-Mir-219 Pca-Mir-219 Pcr-Mir-219 Pfl-Mir-219 Pmi-Mir-219 Pve-Mir-219 Rph-Mir-219 Sko-Mir-219 Sma-Mir-219 Sne-Mir-219 Snu-Mir-219 Spu-Mir-219 Sro-Mir-219 Tca-Mir-219 Tur-Mir-219 War-Mir-219 Xbo-Mir-219 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02009657.1: 6260596-6260664 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUACGAUCCGGACACCGAGCCCUCGCUGUUGAUUGUCCAAACGCAAUUCUUGCGCUGCUUCCUCCUGCGACAUCCAAGGGUUGCGUGUGGACAUCUGCAGCGGGGGCUUUGGAGCAGCAACACGAGGAGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUACGAUCCGGACACC--| U U A CGCUGCUUCC GAGCCCUCGCUGU GAU GUCCA ACGCAAUUCUUG U UUCGGGGGCGACG CUA CAGGU UGCGUUGGGAAC C AGGAGCACAACGACGAGGU^ U - G CUACAGCGUC 120 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | The MIR-219 family shows substantial variation of arm-usage and is currently, across all species, considered a co-mature. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ebu-Mir-219-P6_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAUUGUCCAAACGCAAUUCUUG -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Ebu-Mir-219-P6_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
47- AGGGUUGCGUGUGGACAUCUGC -69
Get sequence
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