MirGeneDB ID | Efe-Mir-96-P2o | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common brandling worm (Eisenia fetida) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Efe-Mir-96-P1 Efe-Mir-96-P2n | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-96-P2 Aca-Mir-96-P2 Ami-Mir-96-P2 Asu-Mir-96-P2 Bge-Mir-96-P2 Bta-Mir-96-P2 Cel-Mir-96-P2 Cfa-Mir-96-P2 Cin-Mir-96-P2 Cli-Mir-96-P2 Cmi-Mir-96-P2 Cpi-Mir-96-P2 Cpo-Mir-96-P2 Cte-Mir-96-P2 Dan-Mir-96-P2 Dma-Mir-96-P2 Dme-Mir-96-P2 Dno-Mir-96-P2 Dpu-Mir-96-P2 Dsi-Mir-96-P2 Dya-Mir-96-P2 Ete-Mir-96-P2 Gga-Mir-96-P2 Gja-Mir-96-P2 Hme-Mir-96-P2 Hsa-Mir-96-P2 Isc-Mir-96-P2 Lan-Mir-96-P2 Lch-Mir-96-P2 Lgi-Mir-96-P2 Loc-Mir-96-P2 Mdo-Mir-96-P2 Mml-Mir-96-P2 Mmu-Mir-96-P2 Mun-Mir-96-P2 Npo-Mir-96-P2 Oan-Mir-96-P2 Obi-Mir-96-P2 Ocu-Mir-96-P2 Ovu-Mir-96-P2 Pbv-Mir-96-P2 Pfl-Mir-96-P2 Pma-Mir-96-P2o1 Pmi-Mir-96-P2 Rno-Mir-96-P2 Sha-Mir-96-P2 Sko-Mir-96-P2 Spt-Mir-96-P2 Spu-Mir-96-P2 Sto-Mir-96-P2 Tca-Mir-96-P2 Tgu-Mir-96-P2 Xtr-Mir-96-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. fetida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Efe_combined) |
Efet.01.217172: 1570-1639 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCAGGCAACCGAUGGAAUACUCAACGGCUUUUGGCACUUAUAGAAUUCACUGAAUAUGCUCUGUGCUUCGAAUUGUCAGGAAUUCCUCAGUGCCUAGAGCCGUUAAAGUCACAAGACAACACUGUUAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCAGGCAACCGAUGGAAUACUC--| U UAUA A AUAUGCUCUG AACGGCUUU GGCACU GAAUUC CUGA U UUGCCGAGA CCGUGA CUUAAG GACU G CUAUUGUCACAACAGAACACUGAAA^ U CUC- - GUUAAGCUUC . 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Efe-Mir-96-P2o_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUGGCACUUAUAGAAUUCACUGA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Efe-Mir-96-P2o_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
48- AGGAAUUCCUCAGUGCCUAGAG -70
Get sequence
|