MirGeneDB ID | Pma-Mir-96-P2o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-182 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-96-P1o1 Pma-Mir-96-P1o2 Pma-Mir-96-P3o1 Pma-Mir-96-P3o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-96-P2 Aca-Mir-96-P2 Ami-Mir-96-P2 Asu-Mir-96-P2 Bge-Mir-96-P2 Bta-Mir-96-P2 Cel-Mir-96-P2 Cfa-Mir-96-P2 Cin-Mir-96-P2 Cli-Mir-96-P2 Cmi-Mir-96-P2 Cpi-Mir-96-P2 Cpo-Mir-96-P2 Cte-Mir-96-P2 Dan-Mir-96-P2 Dma-Mir-96-P2 Dme-Mir-96-P2 Dno-Mir-96-P2 Dpu-Mir-96-P2 Dsi-Mir-96-P2 Dya-Mir-96-P2 Efe-Mir-96-P2o Ete-Mir-96-P2 Gga-Mir-96-P2 Gja-Mir-96-P2 Hme-Mir-96-P2 Hsa-Mir-96-P2 Isc-Mir-96-P2 Lan-Mir-96-P2 Lch-Mir-96-P2 Lgi-Mir-96-P2 Loc-Mir-96-P2 Mdo-Mir-96-P2 Mml-Mir-96-P2 Mmu-Mir-96-P2 Mun-Mir-96-P2 Npo-Mir-96-P2 Oan-Mir-96-P2 Obi-Mir-96-P2 Ocu-Mir-96-P2 Ovu-Mir-96-P2 Pbv-Mir-96-P2 Pfl-Mir-96-P2 Pmi-Mir-96-P2 Rno-Mir-96-P2 Sha-Mir-96-P2 Sko-Mir-96-P2 Spt-Mir-96-P2 Spu-Mir-96-P2 Sto-Mir-96-P2 Tca-Mir-96-P2 Tgu-Mir-96-P2 Xtr-Mir-96-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046104.1: 2252108-2252170 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-96-P2o1) |
Mir-96-P2o1
NC_046104.1: 2252108-2252170 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-96-P1o1 NC_046104.1: 2252300-2252362 [-] UCSC Ensembl Mir-96-P3o1 NC_046104.1: 2254548-2254609 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGGAUCAGAUGAAGAAGCGGGCGGACUGUGUUUGGCAAUGGUAGAACUCACACUGGCCAGAGAGCUCUCCGGGGGUUCUAGACUUGCCAAUUACAGUCCCACCCCGCAAAGCUCCACGCUUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UGGAUCAGAUGAAGAAGC C--| U UGG ACACUGGCCAG GGG GGACUGUG UUGGCAA UAGAACUC \ CCC CCUGACAU AACCGUU AUCUUGGG A UCUUCGCACCUCGAAACG CAC^ U CAG GGCCUCUCGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pma-Mir-96-P2o1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0019490 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUGGCAAUGGUAGAACUCACACU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pma-Mir-96-P2o1_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- GGGUUCUAGACUUGCCAAUUA -63
Get sequence
|