MirGeneDB ID | Pma-Mir-96-P1o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-96a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-96-P1o2 Pma-Mir-96-P2o1 Pma-Mir-96-P3o1 Pma-Mir-96-P3o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-96-P1 Ava-Mir-96-o1 Bfl-Mir-96-P1 Bla-Mir-96-P1 Bta-Mir-96-P1 Cfa-Mir-96-P1 Cin-Mir-96-P1 Cja-Mir-96-P1 Cli-Mir-96-P1 Cmi-Mir-96-P1 Cpi-Mir-96-P1 Cpo-Mir-96-P1 Cte-Mir-96-P1 Dno-Mir-96-P1 Eba-Mir-96-P1 Eca-Mir-96-P1 Efe-Mir-96-P1 Egr-Mir-96-P1 Ete-Mir-96-P1 Gga-Mir-96-P1 Gja-Mir-96-P1 Hsa-Mir-96-P1 Isc-Mir-96-P1 Laf-Mir-96-P1 Lan-Mir-96-P1 Lch-Mir-96-P1 Lhy-Mir-96-P1 Llo-Mir-96-P1 Loc-Mir-96-P1 Mdo-Mir-96-P1 Mml-Mir-96-P1 Mmr-Mir-96-P1 Mmu-Mir-96-P1 Mun-Mir-96-P1 Neu-Mir-96-P1 Oan-Mir-96-P1 Ocu-Mir-96-P1 Pab-Mir-96-P1 Pau-Mir-96-P1 Pbv-Mir-96-P1 Pca-Mir-96-P1 Pcr-Mir-96-P1 Pfl-Mir-96-P1 Pmi-Mir-96-P1 Rno-Mir-96-P1 Sha-Mir-96-P1 Sko-Mir-96-P1 Sma-Mir-96-P1 Snu-Mir-96-P1 Spt-Mir-96-P1 Spu-Mir-96-P1 Sro-Mir-96-P1 Sto-Mir-96-P1 Tgu-Mir-96-P1 War-Mir-96-P1 Xbo-Mir-96-P1 Xtr-Mir-96-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046104.1: 2252300-2252362 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-96-P1o1) |
Mir-96-P2o1
NC_046104.1: 2252108-2252170 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-96-P1o1 NC_046104.1: 2252300-2252362 [-] UCSC Ensembl Mir-96-P3o1 NC_046104.1: 2254548-2254609 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UACCUGGCAUGUGCAGUGCGUCUUACCCGCUUUGGCACUGGCACAUACUUGCUUCACUGUGAAACCCUGAGCAAUUAUGUGUAGUGCCGACUCGGGUAGAAUGCAGCGCGGCAGGGGGUGGGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UACCUGGCAUGUGCAGU--| CU CU G C UCACUGU GCGU UACCCG UUGGCACUG CACAUA UUGCU G CGUA AUGGGC AGCCGUGAU GUGUAU AACGA A UGGGUGGGGGACGGCGCGA^ AG UC - U GUCCCAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pma-Mir-96-P1o1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0019436 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUGGCACUGGCACAUACUUGCU -23
Get sequence
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Star sequence | Pma-Mir-96-P1o1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CAAUUAUGUGUAGUGCCGACUC -63
Get sequence
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