MirGeneDB ID | Rno-Mir-96-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-96-P2 Rno-Mir-96-P3-v1 Rno-Mir-96-P3-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-96-P1 Bfl-Mir-96-P1 Bla-Mir-96-P1 Bta-Mir-96-P1 Cfa-Mir-96-P1 Cgi-Mir-96-P1h Cgi-Mir-96-P1i Cin-Mir-96-P1 Cli-Mir-96-P1 Cmi-Mir-96-P1 Cpi-Mir-96-P1 Cpo-Mir-96-P1 Csc-Mir-96-P1w Csc-Mir-96-P1x Cte-Mir-96-P1 Dno-Mir-96-P1 Dre-Mir-96-P1a Ebu-Mir-96-P1e Ebu-Mir-96-P1f Ebu-Mir-96-P1g Efe-Mir-96-P1 Esc-Mir-96-P1h Ete-Mir-96-P1 Gga-Mir-96-P1 Gja-Mir-96-P1 Gmo-Mir-96-P1a Hsa-Mir-96-P1 Isc-Mir-96-P1 Lan-Mir-96-P1 Lch-Mir-96-P1 Lgi-Mir-96-P1h Lgi-Mir-96-P1i Loc-Mir-96-P1 Lpo-Mir-96-P1r-v1 Lpo-Mir-96-P1r-v2 Lpo-Mir-96-P1s Lpo-Mir-96-P1t Lpo-Mir-96-P1u Mal-Mir-96-P1a Mal-Mir-96-P1b Mdo-Mir-96-P1 Mml-Mir-96-P1 Mmu-Mir-96-P1 Mun-Mir-96-P1 Npo-Mir-96-P1h Npo-Mir-96-P1i Oan-Mir-96-P1 Ocu-Mir-96-P1 Ovu-Mir-96-P1h Pbv-Mir-96-P1 Pfl-Mir-96-P1 Pma-Mir-96-P1o1 Pma-Mir-96-P1o2 Pmi-Mir-96-P1 Sha-Mir-96-P1 Sko-Mir-96-P1 Sme-Mir-96-P1j Sme-Mir-96-P1k Spt-Mir-96-P1 Spu-Mir-96-P1 Sto-Mir-96-P1 Tgu-Mir-96-P1 Tni-Mir-96-P1a Tni-Mir-96-P1b Xbo-Mir-96-P1 Xla-Mir-96-P1c Xla-Mir-96-P1d Xtr-Mir-96-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr4: 57463385-57463448 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-96-P1) |
Mir-96-P2
chr4: 57459736-57459800 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-96-P1 chr4: 57463385-57463448 [-] UCSC Ensembl Mir-96-P3-v1 chr4: 57463591-57463652 [-] UCSC Ensembl Mir-96-P3-v2 chr4: 57463592-57463651 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCUGUUCCAGUACCAUCUGCUUGGCCGAUUUUGGCACUAGCACAUUUUUGCUUGUGUCUCUCCGCUCUGAGCAAUCAUGUGCAGUGCCAAUAUGGGAAAAGCGGGCUGCUGCGGCCACGUUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCUGUUCCAGUACCAU--| GG G U A UU UGUGUCUC CUGCUU CC AU UUGGCACU GCACAU UUGCU \ GGCGAA GG UA AACCGUGA CGUGUA AACGA U ACUUGCACCGGCGUCGUCG^ AA G U - CU GUCUCGCC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Rno-Mir-96-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000818 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUUGGCACUAGCACAUUUUUGCU -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000818 TargetScanVert: rno-miR-96-5p miRDB: MIMAT0000818 |
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Star sequence | Rno-Mir-96-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0017110 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CAAUCAUGUGCAGUGCCAAUAU -64
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-96-3p miRDB: MIMAT0017110 |