MirGeneDB ID | Ofu-Mir-96-P1q | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-96 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tubeworm (Owenia fusiformis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ofu-Mir-96-P1p Ofu-Mir-96-P2 Ofu-Mir-96-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-96-P1 Ava-Mir-96-o1 Bfl-Mir-96-P1 Bla-Mir-96-P1 Bta-Mir-96-P1 Cfa-Mir-96-P1 Cin-Mir-96-P1 Cja-Mir-96-P1 Cli-Mir-96-P1 Cmi-Mir-96-P1 Cpi-Mir-96-P1 Cpo-Mir-96-P1 Cte-Mir-96-P1 Dno-Mir-96-P1 Eba-Mir-96-P1 Eca-Mir-96-P1 Efe-Mir-96-P1 Egr-Mir-96-P1 Ete-Mir-96-P1 Gga-Mir-96-P1 Gja-Mir-96-P1 Hsa-Mir-96-P1 Isc-Mir-96-P1 Laf-Mir-96-P1 Lan-Mir-96-P1 Lch-Mir-96-P1 Lhy-Mir-96-P1 Llo-Mir-96-P1 Loc-Mir-96-P1 Mdo-Mir-96-P1 Mml-Mir-96-P1 Mmr-Mir-96-P1 Mmu-Mir-96-P1 Mun-Mir-96-P1 Neu-Mir-96-P1 Oan-Mir-96-P1 Ocu-Mir-96-P1 Pab-Mir-96-P1 Pau-Mir-96-P1 Pbv-Mir-96-P1 Pca-Mir-96-P1 Pcr-Mir-96-P1 Pfl-Mir-96-P1 Pmi-Mir-96-P1 Rno-Mir-96-P1 Sha-Mir-96-P1 Sko-Mir-96-P1 Sma-Mir-96-P1 Snu-Mir-96-P1 Spt-Mir-96-P1 Spu-Mir-96-P1 Sro-Mir-96-P1 Sto-Mir-96-P1 Tgu-Mir-96-P1 War-Mir-96-P1 Xbo-Mir-96-P1 Xtr-Mir-96-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | O. fusiformis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_903813345.2_Owenia) |
CAIIXF020000011.1: 30689895-30689952 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCAACCAAUGUAGAUAGUGAUUGCUCUAGCUUGGCACUGGCGGAAUAAUCACGUGCUGAAACUGUGAUUUUCCCCUGGUGCCAAACAGGAACGAUUUCGUAGCAGCUAGUAUGAUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGCAACCAAUGUAGAUAGU--| C AGC UG C U GUGCU GAUUG UCU UUGGCAC G GGAA AAUCAC \ UUAGC AGG AACCGUG C CCUU UUAGUG G UGUAGUAUGAUCGACGAUGCU^ A ACA GU C - UCAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ofu-Mir-96-P1q_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUGGCACUGGCGGAAUAAUCAC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ofu-Mir-96-P1q_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- GAUUUUCCCCUGGUGCCAAACA -58
Get sequence
|