| MirGeneDB ID | Gja-Mir-1662-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-1662 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGACAUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gja-Mir-1662-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1662 Ami-Mir-1662 Cli-Mir-1662 Cpi-Mir-1662 Gga-Mir-1662 Mun-Mir-1662 Spt-Mir-1662 Tgu-Mir-1662 Xtr-Mir-1662 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | G. japonicus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Tetrapoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015245705.1: 305-364 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGACGCUGUGCCUAGCUGUGCUCUGUGGGUUUGACAUCAUCAUACUUGGGAUGUUAUGACACAAAAGUCCCAAGCGGGCUGAUGUCAGGCCUAAGAUGGCUGCCGUCCUGUCUUGCUUUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CGACGCUGUGCCUAGCUGU- CUG- -| AUA GUUAUG GCU UGGGUUUGACAUCA UC CUUGGGAU A CGG AUCCGGACUGUAGU GG GAACCCUG C GUUUCGUUCUGUCCUGCCGU UAGA C^ GC- AAAACA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Gja-Mir-1662-P3_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUGACAUCAUCAUACUUGGGAU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Gja-Mir-1662-P3_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CCCAAGCGGGCUGAUGUCAGGC -60
Get sequence
|
