MirGeneDB ID | Gja-Mir-31-P11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-31 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gja-Mir-31-P10 Gja-Mir-31-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-31 Aca-Mir-31 Ami-Mir-31 Asu-Mir-31 Bfl-Mir-31 Bge-Mir-31 Bla-Mir-31 Bpl-Mir-31 Bta-Mir-31 Cbr-Mir-31 Cel-Mir-31 Cfa-Mir-31 Cgi-Mir-31 Cin-Mir-31 Cli-Mir-31 Cmi-Mir-31 Cpi-Mir-31 Cpo-Mir-31 Cte-Mir-31 Dma-Mir-31 Dno-Mir-31 Dpu-Mir-31 Dre-Mir-31 Ebu-Mir-31 Efe-Mir-31 Esc-Mir-31 Ete-Mir-31 Gga-Mir-31 Gmo-Mir-31 Hme-Mir-31 Hsa-Mir-31 Isc-Mir-31 Lch-Mir-31 Lgi-Mir-31 Mal-Mir-31 Mdo-Mir-31 Mml-Mir-31 Mmu-Mir-31 Mun-Mir-31 Npo-Mir-31 Oan-Mir-31 Obi-Mir-31 Ocu-Mir-31 Ovu-Mir-31 Pbv-Mir-31 Pfl-Mir-31 Rno-Mir-31 Sha-Mir-31 Sko-Mir-31 Spt-Mir-31 Spu-Mir-31 Sto-Mir-31 Tca-Mir-31 Tgu-Mir-31 Tni-Mir-31 Xbo-Mir-31 Xtr-Mir-31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | G. japonicus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015201646.1: 532-590 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGGAUUCCUUUUAGUAAGAGCUGGUGGGGAGGCAAGAUGUUGGCAUAGCUGAUGCACUAAGAACCUCUUAUGCCAACAUGUUGCCCUCUUUCCUGACUGUUUGCUGCAAACAUGCUGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAGGAUUCCUUUUAGUAAG- CU UG -| G CUGAUGCAC AG GG GGGA GGCAA AUGUUGGCAUAG \ UC UC UUCU CCGUU UACAACCGUAUU U GGUCGUACAAACGUCGUUUG AG CU C^ G CUCCAAGAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gja-Mir-31-P11_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAAGAUGUUGGCAUAGCUGA -23
Get sequence
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Star sequence | Gja-Mir-31-P11_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UUAUGCCAACAUGUUGCCCUC -59
Get sequence
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