MirGeneDB ID | Hsa-Mir-5579 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-5579 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUGGUAC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Human (Homo sapiens) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | hsa-mir-5579 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | H. sapiens | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | H. sapiens | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (hg38) |
chr11: 79422169-79422226 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-5579) |
Mir-28-P3
chr11: 79402031-79402099 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-5579 chr11: 79422169-79422226 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUGUGUGUAAGAACCAUGUGGGUGAUUUAAUAUGGUACUCCUUAAGCUAACAGGCCCCUGUCACCAUUAGCUUAAGGAGUACCAGAUCAAAUCACCCACAAACACUGUGGAGGUGAACGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUGUGUGUAAGAACCAU--| A A CAGGCCC GUGGGUGAUUU AU UGGUACUCCUUAAGCUAA C CACCCACUAAA UA ACCAUGAGGAAUUCGAUU U CAAGUGGAGGUGUCACAAA^ C G ACCACUG 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Hsa-Mir-5579_5p |
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mirBase accession | MIMAT0022269 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUGGUACUCCUUAAGCUAACA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: hsa-miR-5579-5p TargetMiner: hsa-miR-5579-5p miRDB: MIMAT0022269 |
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Star sequence | Hsa-Mir-5579_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0022270 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UUAGCUUAAGGAGUACCAGAUC -58
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: hsa-miR-5579-3p TargetMiner: hsa-miR-5579-3p miRDB: MIMAT0022270 |