MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Lch-Mir-101-P1

Family name MIR-101 (all species)
Seed ACAGUAC
Species Coelacanth (Latimeria chalumnae)
MiRBase ID
Paralogues Lch-Mir-101-P2 
Orthologues Aca-Mir-101-P1-v1  Aca-Mir-101-P1-v2  Ami-Mir-101-P1-v1  Ami-Mir-101-P1-v2  Bta-Mir-101-P1-v1  Bta-Mir-101-P1-v2  Cfa-Mir-101-P1-v1  Cfa-Mir-101-P1-v2  Cja-Mir-101-P1-v1  Cja-Mir-101-P1-v2  Cli-Mir-101-P1-v1  Cli-Mir-101-P1-v2  Cmi-Mir-101-P1-v1  Cmi-Mir-101-P1-v2  Cpi-Mir-101-P1-v1  Cpi-Mir-101-P1-v2  Cpo-Mir-101-P1-v1  Cpo-Mir-101-P1-v2  Dno-Mir-101-P1-v1  Dno-Mir-101-P1-v2  Dre-Mir-101-P1-v1  Dre-Mir-101-P1-v2  Eca-Mir-101-P1-v1  Eca-Mir-101-P1-v2  Ete-Mir-101-P1-v1  Ete-Mir-101-P1-v2  Gga-Mir-101-P1-v1  Gga-Mir-101-P1-v2  Gja-Mir-101-P1-v1  Gja-Mir-101-P1-v2  Gmo-Mir-101-P1-v1  Gmo-Mir-101-P1-v2  Hsa-Mir-101-P1-v1  Hsa-Mir-101-P1-v2  Laf-Mir-101-P1-v1  Laf-Mir-101-P1-v2  Loc-Mir-101-P1-v1  Loc-Mir-101-P1-v2  Mal-Mir-101-P1-v1  Mal-Mir-101-P1-v2  Mdo-Mir-101-P1-v1  Mdo-Mir-101-P1-v2  Mml-Mir-101-P1-v1  Mml-Mir-101-P1-v2  Mmr-Mir-101-P1-v1  Mmr-Mir-101-P1-v2  Mmu-Mir-101-P1-v1  Mmu-Mir-101-P1-v2  Mun-Mir-101-P1-v1  Mun-Mir-101-P1-v2  Oan-Mir-101-P1-v1  Oan-Mir-101-P1-v2  Ocu-Mir-101-P1-v1  Ocu-Mir-101-P1-v2  Pab-Mir-101-P1-v1  Pab-Mir-101-P1-v2  Pbv-Mir-101-P1-v1  Pbv-Mir-101-P1-v2  Rno-Mir-101-P1-v1  Rno-Mir-101-P1-v2  Sha-Mir-101-P1-v1  Sha-Mir-101-P1-v2  Spt-Mir-101-P1c  Spt-Mir-101-P1d  Sto-Mir-101-P1-v1  Sto-Mir-101-P1-v2  Tgu-Mir-101-P1-v1  Tgu-Mir-101-P1-v2  Tni-Mir-101-P1-v1  Tni-Mir-101-P1-v2  Xla-Mir-101-P1a-v1  Xla-Mir-101-P1a-v2  Xla-Mir-101-P1b-v1  Xla-Mir-101-P1b-v2  Xtr-Mir-101-P1-v1  Xtr-Mir-101-P1-v2 
Node of Origin (locus) Vertebrata
Node of Origin (family) Vertebrata
Genome context
(LatCha1_add)		 JH130703.1: 86604-86662 [-] Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
AAGGAGAUAUGACUGACAGGCUGCCCUGGCUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUCCAUUCUAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAUGAUGGCAGCCAUCUUAACAUCAGGAAAUAC
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50         
AAGGAGAUAUGACUGACA--|      CUGGC                  A    GUCCA 
                    GGCUGCC     UCAGUUAUCACAGUGCUG UGCU     U
                    CCGACGG     AGUCAAUAGUGUCAUGAC AUGG     U
CAUAAAGGACUACAAUUCUA^      UAGUA                  -    AAAUC 
       110       100        90        80        70         60
Deep sequencing
3' NTU Unknown
MotifsCNNC at 3p(+17)
Star sequence

Lch-Mir-101-P1_5p* (predicted)
mirBase accessionNone
Sequence 
0- UCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCU -23
Get sequence
Mature sequence

Lch-Mir-101-P1_3p (predicted)
mirBase accessionNone
Sequence 
37- UACAGUACUGUGAUAACUGAAU -59
Get sequence