Mir-101-P1-v1

MirGeneDB ID

Xtr-Mir-101-P1-v1

Family name

MIR-101 (all species)

Seed

ACAGUAC

Species

Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis)

MiRBase ID

xtr-mir-101a-2

Paralogues

Xtr-Mir-101-P1-v2 Xtr-Mir-101-P2-v1 Xtr-Mir-101-P2-v2

Orthologues

Aca-Mir-101-P1-v1 Aca-Mir-101-P1-v2 Ami-Mir-101-P1-v1 Ami-Mir-101-P1-v2 Bta-Mir-101-P1-v1 Bta-Mir-101-P1-v2 Cfa-Mir-101-P1-v1 Cfa-Mir-101-P1-v2 Cja-Mir-101-P1-v1 Cja-Mir-101-P1-v2 Cli-Mir-101-P1-v1 Cli-Mir-101-P1-v2 Cmi-Mir-101-P1-v1 Cmi-Mir-101-P1-v2 Cpi-Mir-101-P1-v1 Cpi-Mir-101-P1-v2 Cpo-Mir-101-P1-v1 Cpo-Mir-101-P1-v2 Dno-Mir-101-P1-v1 Dno-Mir-101-P1-v2 Dre-Mir-101-P1-v1 Dre-Mir-101-P1-v2 Eca-Mir-101-P1-v1 Eca-Mir-101-P1-v2 Ete-Mir-101-P1-v1 Ete-Mir-101-P1-v2 Gga-Mir-101-P1-v1 Gga-Mir-101-P1-v2 Gja-Mir-101-P1-v1 Gja-Mir-101-P1-v2 Gmo-Mir-101-P1-v1 Gmo-Mir-101-P1-v2 Hsa-Mir-101-P1-v1 Hsa-Mir-101-P1-v2 Laf-Mir-101-P1-v1 Laf-Mir-101-P1-v2 Lch-Mir-101-P1 Loc-Mir-101-P1-v1 Loc-Mir-101-P1-v2 Mal-Mir-101-P1-v1 Mal-Mir-101-P1-v2 Mdo-Mir-101-P1-v1 Mdo-Mir-101-P1-v2 Mml-Mir-101-P1-v1 Mml-Mir-101-P1-v2 Mmr-Mir-101-P1-v1 Mmr-Mir-101-P1-v2 Mmu-Mir-101-P1-v1 Mmu-Mir-101-P1-v2 Mun-Mir-101-P1-v1 Mun-Mir-101-P1-v2 Oan-Mir-101-P1-v1 Oan-Mir-101-P1-v2 Ocu-Mir-101-P1-v1 Ocu-Mir-101-P1-v2 Pab-Mir-101-P1-v1 Pab-Mir-101-P1-v2 Pbv-Mir-101-P1-v1 Pbv-Mir-101-P1-v2 Rno-Mir-101-P1-v1 Rno-Mir-101-P1-v2 Sha-Mir-101-P1-v1 Sha-Mir-101-P1-v2 Spt-Mir-101-P1c Spt-Mir-101-P1d Sto-Mir-101-P1-v1 Sto-Mir-101-P1-v2 Tgu-Mir-101-P1-v1 Tgu-Mir-101-P1-v2 Tni-Mir-101-P1-v1 Tni-Mir-101-P1-v2 Xla-Mir-101-P1a-v1 Xla-Mir-101-P1a-v2 Xla-Mir-101-P1b-v1 Xla-Mir-101-P1b-v2

Node of Origin (locus)

Vertebrata

Node of Origin (family)

Vertebrata

Genome context
(xenTro9_add)

chr4: 79102563-79102621 [-] UCSC Ensembl

Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-101-P1-v1)

Mir-101-P1-v1 chr4: 79102563-79102621 [-] UCSC Ensembl
Mir-101-P1-v2 chr4: 79102564-79102620 [-] UCSC Ensembl

Precursor
(pre-Mir +30nt flank)

GGGCCAUUGUGACUGACAGGCUGCCCUGGCUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUCUACUCUAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGGAUGGUAGCCAUCUUAACUUCAGCUUUUCA

Get precursor sequence

Structure

        10          20        30        40        50         
GGGCCAUUGUGACUGACA--|      CUGGC                  A   UGUCUA 
                    GGCUGCC     UCAGUUAUCACAGUGCUG UGC      C
                    CCGAUGG     AGUCAAUAGUGUCAUGAC AUG      U
ACUUUUCGACUUCAAUUCUA^      UAGGA                  -   GAAAUC 
       110       100        90        80        70         60

Deep sequencing

Go to detailed chart

3' NTU

Motifs

CNNC at 3p(+17), UGUG in loop

Tissue expression

An	Br	Em	Em	He	Ve

Star sequence

Xtr-Mir-101-P1-v1_5p*

mirBase accession

None

Sequence

0- UCAGUUAUCACAGUGCUGAUGC -22

Get sequence

Mature sequence

Xtr-Mir-101-P1-v1_3p

mirBase accession

MIMAT0003662

Sequence

37- UACAGUACUGUGAUAACUGAAG -59

Get sequence

Proposed targets

TargetScanVert: xtr-miR-101a