MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Spt-Mir-101-P1c

Family name MIR-101 (all species)
Seed ACAGUAC
Species Tuatara (Sphenodon punctatus)
MiRBase ID
Paralogues Spt-Mir-101-P1d  Spt-Mir-101-P2 
Orthologues Aca-Mir-101-P1-v1  Aca-Mir-101-P1-v2  Ami-Mir-101-P1-v1  Ami-Mir-101-P1-v2  Bta-Mir-101-P1-v1  Bta-Mir-101-P1-v2  Cfa-Mir-101-P1-v1  Cfa-Mir-101-P1-v2  Cja-Mir-101-P1-v1  Cja-Mir-101-P1-v2  Cli-Mir-101-P1-v1  Cli-Mir-101-P1-v2  Cmi-Mir-101-P1-v1  Cmi-Mir-101-P1-v2  Cpi-Mir-101-P1-v1  Cpi-Mir-101-P1-v2  Cpo-Mir-101-P1-v1  Cpo-Mir-101-P1-v2  Dno-Mir-101-P1-v1  Dno-Mir-101-P1-v2  Dre-Mir-101-P1-v1  Dre-Mir-101-P1-v2  Eca-Mir-101-P1-v1  Eca-Mir-101-P1-v2  Ete-Mir-101-P1-v1  Ete-Mir-101-P1-v2  Gga-Mir-101-P1-v1  Gga-Mir-101-P1-v2  Gja-Mir-101-P1-v1  Gja-Mir-101-P1-v2  Gmo-Mir-101-P1-v1  Gmo-Mir-101-P1-v2  Hsa-Mir-101-P1-v1  Hsa-Mir-101-P1-v2  Laf-Mir-101-P1-v1  Laf-Mir-101-P1-v2  Lch-Mir-101-P1  Loc-Mir-101-P1-v1  Loc-Mir-101-P1-v2  Mal-Mir-101-P1-v1  Mal-Mir-101-P1-v2  Mdo-Mir-101-P1-v1  Mdo-Mir-101-P1-v2  Mml-Mir-101-P1-v1  Mml-Mir-101-P1-v2  Mmr-Mir-101-P1-v1  Mmr-Mir-101-P1-v2  Mmu-Mir-101-P1-v1  Mmu-Mir-101-P1-v2  Mun-Mir-101-P1-v1  Mun-Mir-101-P1-v2  Oan-Mir-101-P1-v1  Oan-Mir-101-P1-v2  Ocu-Mir-101-P1-v1  Ocu-Mir-101-P1-v2  Pab-Mir-101-P1-v1  Pab-Mir-101-P1-v2  Pbv-Mir-101-P1-v1  Pbv-Mir-101-P1-v2  Rno-Mir-101-P1-v1  Rno-Mir-101-P1-v2  Sha-Mir-101-P1-v1  Sha-Mir-101-P1-v2  Sto-Mir-101-P1-v1  Sto-Mir-101-P1-v2  Tgu-Mir-101-P1-v1  Tgu-Mir-101-P1-v2  Tni-Mir-101-P1-v1  Tni-Mir-101-P1-v2  Xtr-Mir-101-P1-v1  Xtr-Mir-101-P1-v2 
Node of Origin (locus) S. punctatus
Node of Origin (family) Vertebrata
Genome context
(GCA_003113815.1_ASM311381v1_TUATARA)		 QEPC01013865.1: 24503586-24503644 [-] UCSC Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
GGCAAGCAGUGACUGACAGGCUGCCCUGGCUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUCUAUGCUAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGGAUGGCAGCCAUCUUAGCUUCACAAGGACC
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50         
GGCAAGCAGUGACUGACA--|      CUGGC                  A   UGUCUA 
                    GGCUGCC     UCAGUUAUCACAGUGCUG UGC      U
                    CCGACGG     AGUCAAUAGUGUCAUGAC AUG      G
CCAGGAACACUUCGAUUCUA^      UAGGA                  -   GAAAUC 
       110       100        90        80        70         60
Deep sequencing
3' NTU Unknown
MotifsCNNC at 3p(+17), UGUG in loop
Star sequence

Spt-Mir-101-P1c_5p* (predicted)
mirBase accessionNone
Sequence 
0- UCAGUUAUCACAGUGCUGAUGC -22
Get sequence
Mature sequence

Spt-Mir-101-P1c_3p (predicted)
mirBase accessionNone
Sequence 
37- UACAGUACUGUGAUAACUGAAG -59
Get sequence