Mir-101-P1-v1

MirGeneDB ID

Eca-Mir-101-P1-v1

Family name

MIR-101 (all species)

Seed

ACAGUAC

Species

Horse (Equus caballus)

MiRBase ID

eca-mir-101-1

Paralogues

Eca-Mir-101-P1-v2 Eca-Mir-101-P2-v1 Eca-Mir-101-P2-v2

Orthologues

Aca-Mir-101-P1-v1 Aca-Mir-101-P1-v2 Ami-Mir-101-P1-v1 Ami-Mir-101-P1-v2 Bta-Mir-101-P1-v1 Bta-Mir-101-P1-v2 Cfa-Mir-101-P1-v1 Cfa-Mir-101-P1-v2 Cja-Mir-101-P1-v1 Cja-Mir-101-P1-v2 Cli-Mir-101-P1-v1 Cli-Mir-101-P1-v2 Cmi-Mir-101-P1-v1 Cmi-Mir-101-P1-v2 Cpi-Mir-101-P1-v1 Cpi-Mir-101-P1-v2 Cpo-Mir-101-P1-v1 Cpo-Mir-101-P1-v2 Dno-Mir-101-P1-v1 Dno-Mir-101-P1-v2 Dre-Mir-101-P1-v1 Dre-Mir-101-P1-v2 Ete-Mir-101-P1-v1 Ete-Mir-101-P1-v2 Gga-Mir-101-P1-v1 Gga-Mir-101-P1-v2 Gja-Mir-101-P1-v1 Gja-Mir-101-P1-v2 Gmo-Mir-101-P1-v1 Gmo-Mir-101-P1-v2 Hsa-Mir-101-P1-v1 Hsa-Mir-101-P1-v2 Laf-Mir-101-P1-v1 Laf-Mir-101-P1-v2 Lch-Mir-101-P1 Loc-Mir-101-P1-v1 Loc-Mir-101-P1-v2 Mal-Mir-101-P1-v1 Mal-Mir-101-P1-v2 Mdo-Mir-101-P1-v1 Mdo-Mir-101-P1-v2 Mml-Mir-101-P1-v1 Mml-Mir-101-P1-v2 Mmr-Mir-101-P1-v1 Mmr-Mir-101-P1-v2 Mmu-Mir-101-P1-v1 Mmu-Mir-101-P1-v2 Mun-Mir-101-P1-v1 Mun-Mir-101-P1-v2 Oan-Mir-101-P1-v1 Oan-Mir-101-P1-v2 Ocu-Mir-101-P1-v1 Ocu-Mir-101-P1-v2 Pab-Mir-101-P1-v1 Pab-Mir-101-P1-v2 Pbv-Mir-101-P1-v1 Pbv-Mir-101-P1-v2 Rno-Mir-101-P1-v1 Rno-Mir-101-P1-v2 Sha-Mir-101-P1-v1 Sha-Mir-101-P1-v2 Spt-Mir-101-P1c Spt-Mir-101-P1d Sto-Mir-101-P1-v1 Sto-Mir-101-P1-v2 Tgu-Mir-101-P1-v1 Tgu-Mir-101-P1-v2 Tni-Mir-101-P1-v1 Tni-Mir-101-P1-v2 Xla-Mir-101-P1a-v1 Xla-Mir-101-P1a-v2 Xla-Mir-101-P1b-v1 Xla-Mir-101-P1b-v2 Xtr-Mir-101-P1-v1 Xtr-Mir-101-P1-v2

Node of Origin (locus)

Vertebrata

Node of Origin (family)

Vertebrata

Genome context
(GCA_002863925.1_EquCab3.0)

CM009152.1: 92613112-92613170 [+] UCSC Ensembl

Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-101-P1-v1)

Mir-101-P1-v1 CM009152.1: 92613112-92613170 [+] UCSC Ensembl
Mir-101-P1-v2 CM009152.1: 92613113-92613169 [+] UCSC Ensembl

Precursor
(pre-Mir +30nt flank)

CCAACACAGUGACUGACAGGCUGCCCUGGCUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUCAGUUCUAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGGAUGGCAGCCAACUUGCCUUCCGUCACGGG

Get precursor sequence

Structure

        10          20        30        40        50         
CCAACACAGUGACUGACA--|      CUGGC                  A   UGUCAG 
                    GGCUGCC     UCAGUUAUCACAGUGCUG UGC      U
                    CCGACGG     AGUCAAUAGUGUCAUGAC AUG      U
GGGCACUGCCUUCCGUUCAA^      UAGGA                  -   GAAAUC 
       110       100        90        80        70         60

Deep sequencing

Go to detailed chart

3' NTU

Motifs

CNNC at 3p(+17), UGUG in loop

Tissue expression

Ps	Bo	Ca	Em	En	En	En	En	En	En	En	Gl	He	He	Ho	Im	Ki	Li	Lo	Lu	Ma	Ma	Mi	Pl	Sp	Te	Tr	Ut	Ut	Yo

Star sequence

Eca-Mir-101-P1-v1_5p*

mirBase accession

None

Sequence

0- UCAGUUAUCACAGUGCUGAUGC -22

Get sequence

Mature sequence

Eca-Mir-101-P1-v1_3p

mirBase accession

MIMAT0012951

Sequence

37- UACAGUACUGUGAUAACUGAAG -59

Get sequence