MirGeneDB 2.1

MirGeneDB ID

Tgu-Mir-101-P1-v2

Family name MIR-101 (all species)
Seed UACAGUA
Species Zebra finch (Taeniopygia guttata)
MiRBase ID tgu-mir-101-2
Paralogues Tgu-Mir-101-P1-v1  Tgu-Mir-101-P2-v1  Tgu-Mir-101-P2-v2 
Orthologues Aca-Mir-101-P1-v1  Aca-Mir-101-P1-v2  Ami-Mir-101-P1-v1  Ami-Mir-101-P1-v2  Bta-Mir-101-P1-v1  Bta-Mir-101-P1-v2  Cfa-Mir-101-P1-v1  Cfa-Mir-101-P1-v2  Cli-Mir-101-P1-v1  Cli-Mir-101-P1-v2  Cmi-Mir-101-P1-v1  Cmi-Mir-101-P1-v2  Cpi-Mir-101-P1-v1  Cpi-Mir-101-P1-v2  Cpo-Mir-101-P1-v1  Cpo-Mir-101-P1-v2  Dno-Mir-101-P1-v1  Dno-Mir-101-P1-v2  Dre-Mir-101-P1-v1  Dre-Mir-101-P1-v2  Ete-Mir-101-P1-v1  Ete-Mir-101-P1-v2  Gga-Mir-101-P1-v1  Gga-Mir-101-P1-v2  Gja-Mir-101-P1-v1  Gja-Mir-101-P1-v2  Gmo-Mir-101-P1-v1  Gmo-Mir-101-P1-v2  Hsa-Mir-101-P1-v1  Hsa-Mir-101-P1-v2  Lch-Mir-101-P1  Loc-Mir-101-P1-v1  Loc-Mir-101-P1-v2  Mal-Mir-101-P1-v1  Mal-Mir-101-P1-v2  Mdo-Mir-101-P1-v1  Mdo-Mir-101-P1-v2  Mml-Mir-101-P1-v1  Mml-Mir-101-P1-v2  Mmu-Mir-101-P1-v1  Mmu-Mir-101-P1-v2  Mun-Mir-101-P1-v1  Mun-Mir-101-P1-v2  Oan-Mir-101-P1-v1  Oan-Mir-101-P1-v2  Ocu-Mir-101-P1-v1  Ocu-Mir-101-P1-v2  Pbv-Mir-101-P1-v1  Pbv-Mir-101-P1-v2  Rno-Mir-101-P1-v1  Rno-Mir-101-P1-v2  Sha-Mir-101-P1-v1  Sha-Mir-101-P1-v2  Spt-Mir-101-P1c  Spt-Mir-101-P1d  Sto-Mir-101-P1-v1  Sto-Mir-101-P1-v2  Tni-Mir-101-P1-v1  Tni-Mir-101-P1-v2  Xla-Mir-101-P1a-v1  Xla-Mir-101-P1a-v2  Xla-Mir-101-P1b-v1  Xla-Mir-101-P1b-v2  Xtr-Mir-101-P1-v1  Xtr-Mir-101-P1-v2 
Node of Origin (locus) Vertebrata
Node of Origin (family) Vertebrata
Genome context
(TaeGut1_add)
8: 1553621-1553677 [+] UCSC Ensembl
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-101-P1-v2)
Mir-101-P1-v1 8: 1553620-1553678 [+] UCSC Ensembl
Mir-101-P1-v2 8: 1553621-1553677 [+] UCSC Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
GGGGCCAAUGACUGCCAGGCUGCCCUGGCUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUCUCUUGUAAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAGGAUGGCAGCCAUCUGAGCUUCACGGCACC
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50        
GGGGCCAAUGACUGCCA--|      CUGGC                  A    GUCUC 
                   GGCUGCC     UCAGUUAUCACAGUGCUG UGCU     U
                   CCGACGG     AGUCAAUAGUGUCAUGAC AUGG     U
CCACGGCACUUCGAGUCUA^      UAGGA                  -    AAAUG 
     110       100        90        80        70         60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsNo
Tissue expression
 +
Fe Fe Fe Fe Ma Ma Ma Ma
Star sequence

Tgu-Mir-101-P1-v2_5p*

mirBase accessionMIMAT0014631
Sequence
0- CAGUUAUCACAGUGCUGAUGCU -22
Get sequence
Mature sequence

Tgu-Mir-101-P1-v2_3p

mirBase accessionMIMAT0014508
Sequence
35- GUACAGUACUGUGAUAACUGAA -57
Get sequence