MirGeneDB ID | Ocu-Mir-1251 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1251 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCUAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-1251 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-1251 Cfa-Mir-1251 Cja-Mir-1251 Cpo-Mir-1251 Dno-Mir-1251 Eca-Mir-1251 Ete-Mir-1251 Hsa-Mir-1251 Laf-Mir-1251 Mdo-Mir-1251 Mml-Mir-1251 Mmr-Mir-1251 Mmu-Mir-1251 Neu-Mir-1251 Pab-Mir-1251 Rno-Mir-1251 Sha-Mir-1251 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chr4: 76714498-76714556 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACCCGAGCGUCCAUGGGUCAGCUAUGUGGACUCUAGCUGCCAAAGGCGCUUCUCCUUCUGAACAGAGCGCUUUGCUCAGCCAGUGUAGACAUGGCCUGAUAAACAAUGGAACUUCUCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CACCCGAGCGUCCAUGG- -| GG U A CCA UCUCCUU GUCA GCUAUGU AC CU GCUG AAGGCGCU \ UAGU CGGUACA UG GA CGAC UUUCGCGA C CCUCUUCAAGGUAACAAA C^ GA U C UCG GACAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ocu-Mir-1251_5p |
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mirBase accession | MIMAT0048587 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUCUAGCUGCCAAAGGCGCU -21
Get sequence
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Star sequence | Ocu-Mir-1251_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0048588 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CGCUUUGCUCAGCCAGUGUAG -59
Get sequence
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