MirGeneDB ID | Pau-Mir-281-P22 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-281 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUCAUGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horseshoe worm (Phoronis australis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pau-Mir-281-P23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-281 Aga-Mir-281 Agr-Mir-281 Asu-Mir-281 Bfl-Mir-281 Bge-Mir-281 Bko-Mir-281 Bla-Mir-281 Bpl-Mir-281 Cin-Mir-281 Csc-Mir-281 Cte-Mir-281 Dgr-Mir-281 Dlo-Mir-281 Dma-Mir-281 Dpu-Mir-281 Eba-Mir-281 Ebu-Mir-281 Egr-Mir-281 Esc-Mir-281 Gsa-Mir-281 Hme-Mir-281 Hru-Mir-281 Isc-Mir-281 Lhy-Mir-281 Llo-Mir-281 Mgi-Mir-281 Mom-Mir-281 Npo-Mir-281 Obi-Mir-281 Ofu-Mir-281 Ovu-Mir-281 Pca-Mir-281 Pcr-Mir-281 Pdu-Mir-281 Pfl-Mir-281 Rph-Mir-281 Sko-Mir-281 Sma-Mir-281 Sme-Mir-281 Snu-Mir-281 Sto-Mir-281 Tca-Mir-281 Tur-Mir-281 War-Mir-281 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. australis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Phoronis_australis_GCA_002633005) |
NMRA01000562.1: 157303-157360 [+] Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACGAGAAACAGAGAGGCAUGGCCGGAAAUAAAGGGAGCUGGUCCAGGGCCGUCUAUUAUUUGGCACUGUCAUGGAGUUACUCUCUUUAUUAAACUGGUUUCAAUAUCCUUCACUUACAGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACGAGAAACAGAGAGGCAU A--| C - G C CUAUU GGCCGG AAUAAAGGGAG UGG UCCA GGC GU A UUGGUC UUAUUUCUCUC AUU AGGU CUG CA U ACAUUCACUUCCUAUAACU AAA^ - G A U CGGUU 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pau-Mir-281-P22_5p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAGGGAGCUGGUCCAGGGCCGU -22
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pau-Mir-281-P22_3p (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UGUCAUGGAGUUACUCUCUUUA -58
Get sequence
|