MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Isc-Mir-281

Family name MIR-281 (all species)
Seed AGAGAGC
Species Deer tick (Ixodes scapularis)
MiRBase ID
Paralogues
Orthologues Aae-Mir-281  Aga-Mir-281  Agr-Mir-281  Asu-Mir-281  Ava-Mir-281-P24a  Ava-Mir-281-P24b  Ava-Mir-281-P25a  Ava-Mir-281-P25b  Bfl-Mir-281  Bge-Mir-281  Bko-Mir-281  Bla-Mir-281  Bpl-Mir-281  Cbr-Mir-281-P3  Cbr-Mir-281-P4  Cel-Mir-281-P3  Cel-Mir-281-P4  Cin-Mir-281  Cmi-Mir-281-v1  Cmi-Mir-281-v2  Csc-Mir-281  Cte-Mir-281  Dan-Mir-281-P1-v1  Dan-Mir-281-P1-v2  Dan-Mir-281-P2  Dgr-Mir-281  Dlo-Mir-281  Dma-Mir-281  Dme-Mir-281-P1-v1  Dme-Mir-281-P1-v2  Dme-Mir-281-P2-v1  Dme-Mir-281-P2-v2  Dmo-Mir-281-P1-v1  Dmo-Mir-281-P1-v2  Dmo-Mir-281-P2-v1  Dmo-Mir-281-P2-v2  Dpu-Mir-281  Dsi-Mir-281-P1-v1  Dsi-Mir-281-P1-v2  Dsi-Mir-281-P2-v1  Dsi-Mir-281-P2-v2  Dya-Mir-281-P1-v1  Dya-Mir-281-P1-v2  Dya-Mir-281-P2-v1  Dya-Mir-281-P2-v2  Eba-Mir-281  Ebu-Mir-281  Efe-Mir-281-P5  Efe-Mir-281-P6  Efe-Mir-281-P7  Egr-Mir-281  Esc-Mir-281  Gpa-Mir-281-P1-v1  Gpa-Mir-281-P1-v2  Gpa-Mir-281-P2-v1  Gpa-Mir-281-P2-v2  Gsa-Mir-281  Hme-Mir-281  Hru-Mir-281  Lan-Mir-281-P10  Lan-Mir-281-P11  Lgi-Mir-281-P8  Lgi-Mir-281-P9  Lhy-Mir-281  Llo-Mir-281  Lpo-Mir-281-P14  Lpo-Mir-281-P15  Lpo-Mir-281-P16  Lpo-Mir-281-P17  Lpo-Mir-281-P18  Mgi-Mir-281  Mom-Mir-281  Npo-Mir-281  Obi-Mir-281  Ofu-Mir-281  Ovu-Mir-281  Pau-Mir-281-P22  Pau-Mir-281-P23  Pca-Mir-281  Pcr-Mir-281  Pdu-Mir-281  Pfl-Mir-281  Pma-Mir-281-P12  Pma-Mir-281-P13  Pve-Mir-281-P19  Pve-Mir-281-P20  Pve-Mir-281-P21a  Pve-Mir-281-P21b  Rph-Mir-281  Sko-Mir-281  Sma-Mir-281  Sme-Mir-281  Snu-Mir-281  Sto-Mir-281  Tca-Mir-281  Tur-Mir-281  War-Mir-281 
Node of Origin (locus) Nephrozoa
Node of Origin (family) Nephrozoa
Genome context
(GCF_016920785.2_ASM1692078v2_ISC)		 NW_024609835.1: 168853379-168853442 [+] Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
AAGCGACCAGGCGAGGCGGCCUGCUCCCGAAAGAGAGCAAUCCGUGGACAGUGUGUAUGUCCGAAAUGGAACUGUCAUGGAGUCGCUCUCUUUCGGGCGGGGCUCGCGGUACGCUAGCGAAAAA
Get precursor sequence
Structure
        10           20        30        40         50        60 
AAGCGACCAGGCGAGGC---|    GCU             AA-      G     GUGUAUGU 
                    GGCCU   CCCGAAAGAGAGC   UCCGUG ACAGU        C
                    UCGGG   GGGCUUUCUCUCG   AGGUAC UGUCA        C
AAAAAGCGAUCGCAUGGCGC^    GC-             CUG      -     AGGUAAAG 
  120       110       100         90        80         70
Deep sequencing
Go to detailed chart
CommentNot in assembly but in trace archive.
3' NTU No
MotifsUGUG in loop
Tissue expression
-   +
Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Em Sa Sa To
Mature sequence

Isc-Mir-281_5p
mirBase accessionNone
Sequence 
0- AAGAGAGCAAUCCGUGGACAGU -22
Get sequence
Star sequence

Isc-Mir-281_3p*
mirBase accessionNone
Sequence 
42- UGUCAUGGAGUCGCUCUCUUUC -64
Get sequence