MirGeneDB ID | Dsi-Mir-281-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-281 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUCAUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dsi-mir-281 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dsi-Mir-281-P1-v2 Dsi-Mir-281-P2-v1 Dsi-Mir-281-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-281 Aga-Mir-281 Agr-Mir-281 Asu-Mir-281 Bfl-Mir-281 Bge-Mir-281 Bko-Mir-281 Bla-Mir-281 Bpl-Mir-281 Cin-Mir-281 Csc-Mir-281 Cte-Mir-281 Dan-Mir-281-P1-v1 Dan-Mir-281-P1-v2 Dgr-Mir-281 Dlo-Mir-281 Dma-Mir-281 Dme-Mir-281-P1-v1 Dme-Mir-281-P1-v2 Dmo-Mir-281-P1-v1 Dmo-Mir-281-P1-v2 Dpu-Mir-281 Dya-Mir-281-P1-v1 Dya-Mir-281-P1-v2 Eba-Mir-281 Ebu-Mir-281 Egr-Mir-281 Esc-Mir-281 Gpa-Mir-281-P1-v1 Gpa-Mir-281-P1-v2 Gsa-Mir-281 Hme-Mir-281 Hru-Mir-281 Isc-Mir-281 Lhy-Mir-281 Llo-Mir-281 Mgi-Mir-281 Mom-Mir-281 Npo-Mir-281 Obi-Mir-281 Ofu-Mir-281 Ovu-Mir-281 Pca-Mir-281 Pcr-Mir-281 Pdu-Mir-281 Pfl-Mir-281 Rph-Mir-281 Sko-Mir-281 Sma-Mir-281 Sme-Mir-281 Snu-Mir-281 Sto-Mir-281 Tca-Mir-281 Tur-Mir-281 War-Mir-281 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2R: 8762476-8762542 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-281-P1-v1) |
Mir-988
2R: 8750716-8750773 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-281-P1-v1 2R: 8762476-8762542 [-] UCSC Ensembl Mir-281-P1-v2 2R: 8762477-8762541 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGAAUCGAAUCCAAAUGCGAAUAAGUGAAUAAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGUCCAGAAAGCAUUUAAUAUCACUGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGUAUAAUAUUCGACGAUGCGCUGUGAGGCAAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAAUCGAAUCCAAAUG---| AG A UG- C CCAGAAAGC CGAAUA UG AUAAAGAGAGC UCCGU GACAGU \ GCUUAU AU UGUUUCUCUCG AGGUA CUGUCA A UAACGGAGUGUCGCGUAGCA^ A- A UUA - CUAUAAUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dsi-Mir-281-P1-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0008905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAAGAGAGCUGUCCGUCGACAGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dsi-Mir-281-P1-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0008906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
44- UGUCAUGGAAUUGCUCUCUUUGU -67
Get sequence
|