MirGeneDB ID | Pma-Mir-281-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-281 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUCAUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-281-P13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-281 Aga-Mir-281 Agr-Mir-281 Asu-Mir-281 Bfl-Mir-281 Bge-Mir-281 Bko-Mir-281 Bla-Mir-281 Bpl-Mir-281 Cin-Mir-281 Csc-Mir-281 Cte-Mir-281 Dgr-Mir-281 Dlo-Mir-281 Dma-Mir-281 Dpu-Mir-281 Eba-Mir-281 Ebu-Mir-281 Egr-Mir-281 Esc-Mir-281 Gsa-Mir-281 Hme-Mir-281 Hru-Mir-281 Isc-Mir-281 Lhy-Mir-281 Llo-Mir-281 Mgi-Mir-281 Mom-Mir-281 Npo-Mir-281 Obi-Mir-281 Ofu-Mir-281 Ovu-Mir-281 Pca-Mir-281 Pcr-Mir-281 Pdu-Mir-281 Pfl-Mir-281 Rph-Mir-281 Sko-Mir-281 Sma-Mir-281 Sme-Mir-281 Snu-Mir-281 Sto-Mir-281 Tca-Mir-281 Tur-Mir-281 War-Mir-281 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046102.1: 10078122-10078197 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CGCGGGAGGCCGCUCGUUCGCACUGCGCGCAGGAGAGCGCAACCCUGACAGCGAGCGCGUGUGGACGCGUCUUGCCCGUGGCCCUGUCAUGGUCGUGCUCUCUUGUGCGCGUCGCGAGCACGCAACGCGGCGCCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCGGGAGGCCGCUCGU--| AC A C CGAGCGCGUGUGGAC UCGC UGCGCGCAGGAGAGCGC ACC UGACAG G AGCG GCGCGUGUUCUCUCGUG UGG ACUGUC C GACCGCGGCGCAACGCACG^ CU C U CCGGUGCCCGUUCUG 130 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pma-Mir-281-P12_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGAGAGCGCAACCCUGACAGC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pma-Mir-281-P12_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
54- UGUCAUGGUCGUGCUCUCUUGU -76
Get sequence
|