MirGeneDB ID | Lpo-Mir-281-P16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-281 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGAGAGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Atlantic horseshoe crab (Limulus polyphemus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lpo-Mir-281-P14 Lpo-Mir-281-P15 Lpo-Mir-281-P17 Lpo-Mir-281-P18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-281 Aga-Mir-281 Agr-Mir-281 Asu-Mir-281 Bfl-Mir-281 Bge-Mir-281 Bko-Mir-281 Bla-Mir-281 Bpl-Mir-281 Cin-Mir-281 Csc-Mir-281 Cte-Mir-281 Dgr-Mir-281 Dlo-Mir-281 Dma-Mir-281 Dpu-Mir-281 Eba-Mir-281 Ebu-Mir-281 Egr-Mir-281 Esc-Mir-281 Gsa-Mir-281 Hme-Mir-281 Hru-Mir-281 Isc-Mir-281 Lhy-Mir-281 Llo-Mir-281 Mgi-Mir-281 Mom-Mir-281 Npo-Mir-281 Obi-Mir-281 Ofu-Mir-281 Ovu-Mir-281 Pca-Mir-281 Pcr-Mir-281 Pdu-Mir-281 Pfl-Mir-281 Rph-Mir-281 Sko-Mir-281 Sma-Mir-281 Sme-Mir-281 Snu-Mir-281 Sto-Mir-281 Tca-Mir-281 Tur-Mir-281 War-Mir-281 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. polyphemus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000517525.1_Limulus_polyphemus-2.1.2_genomic) |
NW_013674012.1: 29066-29122 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAAGAACACAACUAAGAGAGUCCGACCACGAAGAGAGCUCUUUCAAGACAGUGUGUUGUCUAAACUGUCAUGGAACUGCUCUCUUUAUGGAGGCACUCAUUAGUUACAGAAGAUAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAAGAACACAACUAAGA-- -| GA CG UC A GUGUU GAGU CC CCA AAGAGAGC UUUCA GACAGU \ CUCA GG GGU UUCUCUCG AAGGU CUGUCA G CAAUAGAAGACAUUGAUUA C^ A- AU UC A AAUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Lpo-Mir-281-P16_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAGAGAGCUCUUUCAAGACAGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Lpo-Mir-281-P16_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGUCAUGGAACUGCUCUCUUUA -57
Get sequence
|