MirGeneDB 2.1

MirGeneDB ID

Pma-Mir-133-o1-v2

Family name MIR-133 (all species)
Seed UGGUCCC
Species Sea Lamprey (Petromyzon marinus)
MiRBase ID
Paralogues Pma-Mir-133-o1-v1  Pma-Mir-133-o2-v1  Pma-Mir-133-o2-v2  Pma-Mir-133-o3-v1  Pma-Mir-133-o3-v2  Pma-Mir-133-o4-v1  Pma-Mir-133-o4-v2 
Orthologues Aae-Mir-133  Aca-Mir-133-P1-v1  Aca-Mir-133-P1-v2  Ami-Mir-133-P1-v1  Ami-Mir-133-P1-v2  Asu-Mir-133  Bge-Mir-133  Bta-Mir-133-P1-v1  Bta-Mir-133-P1-v2  Cbr-Mir-133  Cel-Mir-133  Cfa-Mir-133-P1-v1  Cfa-Mir-133-P1-v2  Cgi-Mir-133  Cin-Mir-133  Cli-Mir-133-P1-v1  Cli-Mir-133-P1-v2  Cmi-Mir-133-P1-v1  Cmi-Mir-133-P1-v2  Cpi-Mir-133-P1-v1  Cpi-Mir-133-P1-v2  Cpo-Mir-133-P1-v1  Cpo-Mir-133-P1-v2  Cte-Mir-133  Dan-Mir-133  Dma-Mir-133  Dme-Mir-133  Dmo-Mir-133  Dno-Mir-133-P1-v1  Dno-Mir-133-P1-v2  Dpu-Mir-133  Dre-Mir-133-P1-v1  Dre-Mir-133-P1-v2  Dsi-Mir-133  Dya-Mir-133  Efe-Mir-133  Esc-Mir-133  Ete-Mir-133-P1-v1  Ete-Mir-133-P1-v2  Gga-Mir-133-P1-v1  Gga-Mir-133-P1-v2  Gja-Mir-133-P1-v1  Gja-Mir-133-P1-v2  Gmo-Mir-133-P1-v1  Gmo-Mir-133-P1-v2  Hme-Mir-133  Hsa-Mir-133-P1-v1  Hsa-Mir-133-P1-v2  Isc-Mir-133  Lan-Mir-133  Lch-Mir-133-P1  Lgi-Mir-133  Loc-Mir-133-P1-v1  Loc-Mir-133-P1-v2  Mal-Mir-133-P1-v1  Mal-Mir-133-P1-v2  Mdo-Mir-133-P1-v1  Mdo-Mir-133-P1-v2  Mml-Mir-133-P1-v1  Mml-Mir-133-P1-v2  Mmu-Mir-133-P1-v1  Mmu-Mir-133-P1-v2  Mun-Mir-133-P1-v1  Mun-Mir-133-P1-v2  Oan-Mir-133-P1-v1  Oan-Mir-133-P1-v2  Obi-Mir-133  Ocu-Mir-133-P1-v1  Ocu-Mir-133-P1-v2  Ovu-Mir-133  Pbv-Mir-133-P1-v1  Pbv-Mir-133-P1-v2  Rno-Mir-133-P1-v1  Rno-Mir-133-P1-v2  Sha-Mir-133-P1-v1  Sha-Mir-133-P1-v2  Spt-Mir-133-P1  Spu-Mir-133  Sto-Mir-133-P1-v1  Sto-Mir-133-P1-v2  Tca-Mir-133  Tgu-Mir-133-P1-v1  Tgu-Mir-133-P1-v2  Tni-Mir-133-P1-v1  Tni-Mir-133-P1-v2  Xbo-Mir-133  Xla-Mir-133-P1a-v1  Xla-Mir-133-P1a-v2  Xla-Mir-133-P1b-v1  Xla-Mir-133-P1b-v2  Xtr-Mir-133-P1-v1  Xtr-Mir-133-P1-v2 
Node of Origin (locus) P. marinus
Node of Origin (family) Bilateria
Genome context
(GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic)
NC_046083.1: 5663026-5663083 [-] UCSC Ensembl
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
AGGGAGACGCGCGUGGAGUGUCUCGCCGGGGCUGGUAAAAUGGAACCAAAUCGAGGACUCGAUGGAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGCGGCGGGGCACGGAGCAGCACGCGAGCACG
Get precursor sequence
Structure
        10          20        30        40        50        
AGGGAGACGCGCGUGGA--|          G       AA  U  A       CGAGGA 
                   GUGUCUCGCCG GGCUGGU  AA GG ACCAAAU      C
                   CACGGGGCGGC UCGACCA  UU CC UGGUUUA      U
GCACGAGCGCACGACGAGG^          G       AC  C  C       GGUAGC 
      110       100        90        80        70        60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsCNNC at 3p(+17)
Tissue expression
 +
Br Gi Gu He Ki La Li Mo Mu Sk
Star sequence

Pma-Mir-133-o1-v2_5p*

mirBase accessionNone
Sequence
0- GCUGGUAAAAUGGAACCAAAU -21
Get sequence
Mature sequence

Pma-Mir-133-o1-v2_3p

mirBase accessionNone
Sequence
37- UUGGUCCCCUUCAACCAGCUG -58
Get sequence