MirGeneDB 3.0

MirGeneDB ID

Pdu-Mir-133

Family name

MIR-133 (all species)

Seed

Species

Dumerils clam worm (Platynereis dumerilii)

MiRBase ID

Paralogues

Orthologues

Aae-Mir-133 Aca-Mir-133-P1-v1 Aca-Mir-133-P1-v2 Aca-Mir-133-P2-v1 Aca-Mir-133-P2-v2 Aca-Mir-133-P3-v1 Aca-Mir-133-P3-v2 Aca-Mir-133-P4-v1 Aca-Mir-133-P4-v2 Aga-Mir-133 Ami-Mir-133-P1-v1 Ami-Mir-133-P1-v2 Ami-Mir-133-P2-v1 Ami-Mir-133-P2-v2 Ami-Mir-133-P3-v1 Ami-Mir-133-P3-v2 Ami-Mir-133-P4-v1 Ami-Mir-133-P4-v2 Asu-Mir-133 Bfl-Mir-133-v1 Bfl-Mir-133-v2 Bge-Mir-133 Bla-Mir-133-v1 Bla-Mir-133-v2 Bta-Mir-133-P1-v1 Bta-Mir-133-P1-v2 Bta-Mir-133-P2-v1 Bta-Mir-133-P2-v2 Bta-Mir-133-P3-v1 Bta-Mir-133-P3-v2 Cbr-Mir-133 Cel-Mir-133 Cfa-Mir-133-P1-v1 Cfa-Mir-133-P1-v2 Cfa-Mir-133-P2-v1 Cfa-Mir-133-P2-v2 Cfa-Mir-133-P3-v1 Cfa-Mir-133-P3-v2 Cin-Mir-133 Cja-Mir-133-P1 Cja-Mir-133-P2 Cja-Mir-133-P3 Cli-Mir-133-P1-v1 Cli-Mir-133-P1-v2 Cli-Mir-133-P2-v1 Cli-Mir-133-P2-v2 Cli-Mir-133-P3-v1 Cli-Mir-133-P3-v2 Cli-Mir-133-P4-v1 Cli-Mir-133-P4-v2 Cmi-Mir-133-P1-v1 Cmi-Mir-133-P1-v2 Cmi-Mir-133-P3-v1 Cmi-Mir-133-P3-v2 Cmi-Mir-133-P4-v1 Cmi-Mir-133-P4-v2 Cpi-Mir-133-P1-v1 Cpi-Mir-133-P1-v2 Cpi-Mir-133-P2-v1 Cpi-Mir-133-P2-v2 Cpi-Mir-133-P3-v1 Cpi-Mir-133-P3-v2 Cpi-Mir-133-P4-v1 Cpi-Mir-133-P4-v2 Cpo-Mir-133-P1-v1 Cpo-Mir-133-P1-v2 Cpo-Mir-133-P2-v1 Cpo-Mir-133-P2-v2 Cpo-Mir-133-P3-v1 Cpo-Mir-133-P3-v2 Csc-Mir-133-P18 Csc-Mir-133-P19a Csc-Mir-133-P19b Cte-Mir-133 Dan-Mir-133 Dgr-Mir-133 Dlo-Mir-133 Dma-Mir-133 Dme-Mir-133 Dmo-Mir-133 Dno-Mir-133-P1-v1 Dno-Mir-133-P1-v2 Dno-Mir-133-P2-v1 Dno-Mir-133-P2-v2 Dno-Mir-133-P3-v1 Dno-Mir-133-P3-v2 Dpu-Mir-133 Dre-Mir-133-P1-v1 Dre-Mir-133-P1-v2 Dre-Mir-133-P2a-v1 Dre-Mir-133-P2a-v2 Dre-Mir-133-P2b-v1 Dre-Mir-133-P2b-v2 Dre-Mir-133-P3-v1 Dre-Mir-133-P3-v2 Dsi-Mir-133 Dya-Mir-133 Eba-Mir-133 Ebu-Mir-133-P5a-v1 Ebu-Mir-133-P5a-v2 Ebu-Mir-133-P5b-v1 Ebu-Mir-133-P5b-v2 Ebu-Mir-133-P6a-v1 Ebu-Mir-133-P6a-v2 Ebu-Mir-133-P6b-v1 Ebu-Mir-133-P6b-v2 Ebu-Mir-133-P7-v1 Ebu-Mir-133-P7-v2 Ebu-Mir-133-P8-v1 Ebu-Mir-133-P8-v2 Eca-Mir-133-P1-v1 Eca-Mir-133-P1-v2 Eca-Mir-133-P2-v1 Eca-Mir-133-P2-v2 Eca-Mir-133-P3-v1 Eca-Mir-133-P3-v2 Efe-Mir-133 Egr-Mir-133 Esc-Mir-133 Ete-Mir-133-P1-v1 Ete-Mir-133-P1-v2 Ete-Mir-133-P2-v1 Ete-Mir-133-P2-v2 Ete-Mir-133-P3-v1 Ete-Mir-133-P3-v2 Gga-Mir-133-P1-v1 Gga-Mir-133-P1-v2 Gga-Mir-133-P2-v1 Gga-Mir-133-P2-v2 Gga-Mir-133-P3-v1 Gga-Mir-133-P3-v2 Gga-Mir-133-P4-v1 Gga-Mir-133-P4-v2 Gja-Mir-133-P1-v1 Gja-Mir-133-P1-v2 Gja-Mir-133-P2-v1 Gja-Mir-133-P2-v2 Gja-Mir-133-P3-v1 Gja-Mir-133-P3-v2 Gja-Mir-133-P4-v1 Gja-Mir-133-P4-v2 Gmo-Mir-133-P1-v1 Gmo-Mir-133-P1-v2 Gmo-Mir-133-P2a-v1 Gmo-Mir-133-P2a-v2 Gmo-Mir-133-P3-v1 Gmo-Mir-133-P3-v2 Gpa-Mir-133 Gsp-Mir-133 Hme-Mir-133 Hru-Mir-133 Hsa-Mir-133-P1-v1 Hsa-Mir-133-P1-v2 Hsa-Mir-133-P2-v1 Hsa-Mir-133-P2-v2 Hsa-Mir-133-P3-v1 Hsa-Mir-133-P3-v2 Isc-Mir-133 Laf-Mir-133-P1-v1 Laf-Mir-133-P1-v2 Laf-Mir-133-P2 Laf-Mir-133-P3-v1 Laf-Mir-133-P3-v2 Lan-Mir-133 Lch-Mir-133-P1 Lch-Mir-133-P2 Lch-Mir-133-P3 Lch-Mir-133-P4 Lgi-Mir-133 Lhy-Mir-133 Llo-Mir-133 Loc-Mir-133-P1-v1 Loc-Mir-133-P1-v2 Loc-Mir-133-P2-v1 Loc-Mir-133-P2-v2 Loc-Mir-133-P3-v1 Loc-Mir-133-P3-v2 Lpo-Mir-133-P11 Lpo-Mir-133-P12 Lpo-Mir-133-P13 Lpo-Mir-133-P14 Lpo-Mir-133-P15 Mal-Mir-133-P1-v1 Mal-Mir-133-P1-v2 Mal-Mir-133-P2a-v1 Mal-Mir-133-P2a-v2 Mal-Mir-133-P3-v1 Mal-Mir-133-P3-v2 Mdo-Mir-133-P1-v1 Mdo-Mir-133-P1-v2 Mdo-Mir-133-P2-v1 Mdo-Mir-133-P2-v2 Mdo-Mir-133-P3-v1 Mdo-Mir-133-P3-v2 Mgi-Mir-133 Mml-Mir-133-P1-v1 Mml-Mir-133-P1-v2 Mml-Mir-133-P2-v1 Mml-Mir-133-P2-v2 Mml-Mir-133-P3-v1 Mml-Mir-133-P3-v2 Mmr-Mir-133-P1-v1 Mmr-Mir-133-P1-v2 Mmr-Mir-133-P2-v1 Mmr-Mir-133-P2-v2 Mmr-Mir-133-P3-v1 Mmr-Mir-133-P3-v2 Mmu-Mir-133-P1-v1 Mmu-Mir-133-P1-v2 Mmu-Mir-133-P2-v1 Mmu-Mir-133-P2-v2 Mmu-Mir-133-P3-v1 Mmu-Mir-133-P3-v2 Mom-Mir-133 Mun-Mir-133-P1-v1 Mun-Mir-133-P1-v2 Mun-Mir-133-P2-v1 Mun-Mir-133-P2-v2 Mun-Mir-133-P3-v1 Mun-Mir-133-P3-v2 Mun-Mir-133-P4-v1 Mun-Mir-133-P4-v2 Neu-Mir-133-P1-v1 Neu-Mir-133-P1-v2 Neu-Mir-133-P3-v1 Neu-Mir-133-P3-v2 Npo-Mir-133-P20 Npo-Mir-133-P21 Oan-Mir-133-P1-v1 Oan-Mir-133-P1-v2 Oan-Mir-133-P2-v1 Oan-Mir-133-P2-v2 Oan-Mir-133-P3-v1 Oan-Mir-133-P3-v2 Oan-Mir-133-P4-v1 Oan-Mir-133-P4-v2 Obi-Mir-133 Ocu-Mir-133-P1-v1 Ocu-Mir-133-P1-v2 Ocu-Mir-133-P2-v1 Ocu-Mir-133-P2-v2 Ofu-Mir-133 Ovu-Mir-133 Pab-Mir-133-P1 Pab-Mir-133-P2 Pab-Mir-133-P3 Pau-Mir-133 Pbv-Mir-133-P1-v1 Pbv-Mir-133-P1-v2 Pbv-Mir-133-P2-v1 Pbv-Mir-133-P2-v2 Pbv-Mir-133-P3-v1 Pbv-Mir-133-P3-v2 Pbv-Mir-133-P4-v1 Pbv-Mir-133-P4-v2 Pca-Mir-133 Pcr-Mir-133 Pfl-Mir-133-v1 Pfl-Mir-133-v2 Pma-Mir-133-o1-v1 Pma-Mir-133-o1-v2 Pma-Mir-133-o2-v1 Pma-Mir-133-o2-v2 Pma-Mir-133-o3-v1 Pma-Mir-133-o3-v2 Pma-Mir-133-o4-v1 Pma-Mir-133-o4-v2 Pmi-Mir-133-P9a Pmi-Mir-133-P9b Pve-Mir-133 Rno-Mir-133-P1-v1 Rno-Mir-133-P1-v2 Rno-Mir-133-P2-v1 Rno-Mir-133-P2-v2 Rno-Mir-133-P3-v1 Rno-Mir-133-P3-v2 Rph-Mir-133 Sha-Mir-133-P1-v1 Sha-Mir-133-P1-v2 Sha-Mir-133-P2-v1 Sha-Mir-133-P2-v2 Sha-Mir-133-P3-v1 Sha-Mir-133-P3-v2 Sko-Mir-133-v1 Sko-Mir-133-v2 Sma-Mir-133 Sme-Mir-133-P16 Sme-Mir-133-P17 Snu-Mir-133 Spt-Mir-133-P1 Spt-Mir-133-P2 Spt-Mir-133-P3 Spt-Mir-133-P4 Spu-Mir-133 Sto-Mir-133-P1-v1 Sto-Mir-133-P1-v2 Sto-Mir-133-P3-v1 Sto-Mir-133-P3-v2 Sto-Mir-133-P4-v1 Sto-Mir-133-P4-v2 Tca-Mir-133 Tgu-Mir-133-P1-v1 Tgu-Mir-133-P1-v2 Tgu-Mir-133-P2-v1 Tgu-Mir-133-P2-v2 Tgu-Mir-133-P3-v1 Tgu-Mir-133-P3-v2 Tgu-Mir-133-P4-v1 Tgu-Mir-133-P4-v2 Tni-Mir-133-P1-v1 Tni-Mir-133-P1-v2 Tni-Mir-133-P2a-v1 Tni-Mir-133-P2a-v2 Tur-Mir-133 War-Mir-133 Xbo-Mir-133 Xla-Mir-133-P1a-v1 Xla-Mir-133-P1a-v2 Xla-Mir-133-P1b-v1 Xla-Mir-133-P1b-v2 Xla-Mir-133-P2c-v1 Xla-Mir-133-P2c-v2 Xla-Mir-133-P2d-v1 Xla-Mir-133-P2d-v2 Xla-Mir-133-P3a-v1 Xla-Mir-133-P3a-v2 Xla-Mir-133-P3b-v1 Xla-Mir-133-P3b-v2 Xla-Mir-133-P4a Xla-Mir-133-P4b Xtr-Mir-133-P1-v1 Xtr-Mir-133-P1-v2 Xtr-Mir-133-P2-v1 Xtr-Mir-133-P2-v2 Xtr-Mir-133-P3-v1 Xtr-Mir-133-P3-v2 Xtr-Mir-133-P4-v1 Xtr-Mir-133-P4-v2

Node of Origin (locus)

Bilateria

Node of Origin (family)

Bilateria

Genome context
(GCA_026936325.1_EMBL_pdum_1.0)

JAPTHN010000001.1: 162444774-162444836 [+] Ensembl

Precursor
(pre-Mir +30nt flank)

GCUUCUCCCUUCAGAGAGGUGCUCUUCUGUAGCUGGUUGAAAUAGGGCCAAAUUGUCUGAUUUUCUGUCAUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUGUAGUUAGCAUUCUCGUCAGCCAGAUGCAACA

Get precursor sequence

Structure

        10           20        30        40        50        60 
GCUUCUCCCUUCAGAGA---|     CUU               AUA         UGUCUGA 
                    GGUGCU   CUGUAGCUGGUUGAA   GGGCCAAAU       U
                    UUACGA   GAUGUCGACCAACUU   CCUGGUUUA       U
ACAACGUAGACCGACUGCUC^     UU-               CC-         CUGUCUU 
 120       110       100         90        80         70

Deep sequencing

Go to detailed chart

3' NTU

No

Motifs

CNNC at 3p(+17), UGUG in loop

Tissue expression

-

+

24	24	24	24	24	36	36	36	36	36	48	48	48	48	48	6d	6d	6d	6d	72	72	72	72	72

Star sequence

Pdu-Mir-133_5p*

mirBase accession

None

Sequence

0- AGCUGGUUGAAAUAGGGCCAAAU -23

Get sequence

Mature sequence

Pdu-Mir-133_3p

mirBase accession

None

Sequence

41- UUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU -63

Get sequence