MirGeneDB 3.0
MirGeneDB ID

Ami-Mir-133-P2-v1

Family name MIR-133 (all species)
Seed UUGGUCC
Species American alligator (Alligator mississippiensis)
MiRBase ID ami-mir-133b
Paralogues Ami-Mir-133-P1-v1  Ami-Mir-133-P1-v2  Ami-Mir-133-P2-v2  Ami-Mir-133-P3-v1  Ami-Mir-133-P3-v2  Ami-Mir-133-P4-v1  Ami-Mir-133-P4-v2 
Orthologues Aae-Mir-133  Aca-Mir-133-P2-v1  Aca-Mir-133-P2-v2  Aga-Mir-133  Asu-Mir-133  Bge-Mir-133  Bta-Mir-133-P2-v1  Bta-Mir-133-P2-v2  Cbr-Mir-133  Cel-Mir-133  Cfa-Mir-133-P2-v1  Cfa-Mir-133-P2-v2  Cin-Mir-133  Cja-Mir-133-P2  Cli-Mir-133-P2-v1  Cli-Mir-133-P2-v2  Cpi-Mir-133-P2-v1  Cpi-Mir-133-P2-v2  Cpo-Mir-133-P2-v1  Cpo-Mir-133-P2-v2  Cte-Mir-133  Dan-Mir-133  Dgr-Mir-133  Dlo-Mir-133  Dma-Mir-133  Dme-Mir-133  Dmo-Mir-133  Dno-Mir-133-P2-v1  Dno-Mir-133-P2-v2  Dpu-Mir-133  Dre-Mir-133-P2a-v1  Dre-Mir-133-P2a-v2  Dre-Mir-133-P2b-v1  Dre-Mir-133-P2b-v2  Dsi-Mir-133  Dya-Mir-133  Eba-Mir-133  Eca-Mir-133-P2-v1  Eca-Mir-133-P2-v2  Efe-Mir-133  Egr-Mir-133  Esc-Mir-133  Ete-Mir-133-P2-v1  Ete-Mir-133-P2-v2  Gga-Mir-133-P2-v1  Gga-Mir-133-P2-v2  Gja-Mir-133-P2-v1  Gja-Mir-133-P2-v2  Gmo-Mir-133-P2a-v1  Gmo-Mir-133-P2a-v2  Gpa-Mir-133  Gsp-Mir-133  Hme-Mir-133  Hru-Mir-133  Hsa-Mir-133-P2-v1  Hsa-Mir-133-P2-v2  Isc-Mir-133  Laf-Mir-133-P2  Lan-Mir-133  Lch-Mir-133-P2  Lgi-Mir-133  Lhy-Mir-133  Llo-Mir-133  Loc-Mir-133-P2-v1  Loc-Mir-133-P2-v2  Mal-Mir-133-P2a-v1  Mal-Mir-133-P2a-v2  Mdo-Mir-133-P2-v1  Mdo-Mir-133-P2-v2  Mgi-Mir-133  Mml-Mir-133-P2-v1  Mml-Mir-133-P2-v2  Mmr-Mir-133-P2-v1  Mmr-Mir-133-P2-v2  Mmu-Mir-133-P2-v1  Mmu-Mir-133-P2-v2  Mom-Mir-133  Mun-Mir-133-P2-v1  Mun-Mir-133-P2-v2  Oan-Mir-133-P2-v1  Oan-Mir-133-P2-v2  Obi-Mir-133  Ocu-Mir-133-P2-v1  Ocu-Mir-133-P2-v2  Ofu-Mir-133  Ovu-Mir-133  Pab-Mir-133-P2  Pau-Mir-133  Pbv-Mir-133-P2-v1  Pbv-Mir-133-P2-v2  Pca-Mir-133  Pcr-Mir-133  Pdu-Mir-133  Pma-Mir-133-o2-v1  Pma-Mir-133-o2-v2  Pve-Mir-133  Rno-Mir-133-P2-v1  Rno-Mir-133-P2-v2  Rph-Mir-133  Sha-Mir-133-P2-v1  Sha-Mir-133-P2-v2  Sma-Mir-133  Snu-Mir-133  Spt-Mir-133-P2  Spu-Mir-133  Tca-Mir-133  Tgu-Mir-133-P2-v1  Tgu-Mir-133-P2-v2  Tni-Mir-133-P2a-v1  Tni-Mir-133-P2a-v2  Tur-Mir-133  War-Mir-133  Xbo-Mir-133  Xla-Mir-133-P2c-v1  Xla-Mir-133-P2c-v2  Xla-Mir-133-P2d-v1  Xla-Mir-133-P2d-v2  Xtr-Mir-133-P2-v1  Xtr-Mir-133-P2-v2 
Node of Origin (locus) Gnathostomata
Node of Origin (family) Bilateria
Genome context
(GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add)		 NW_017710918.1: 2019343-2019401 [+] UCSC
Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-133-P2-v1)		 Mir-1-P2 NW_017710918.1: 2014199-2014258 [+] UCSC
Mir-133-P2-v1 NW_017710918.1: 2019343-2019401 [+] UCSC
Mir-133-P2-v2 NW_017710918.1: 2019343-2019401 [+] UCSC
Precursor
(pre-Mir +30nt flank)
GGACAGACACUAAAGCUGCACUCUGCUGUGGCUGGUCAAACGGAACCAAGUCCGUCUUCCUUGGAGGUUUGGUCCCCUUCAACCAGCUAUAGCAGUGCUGAAAUCAUCCGGCCCCAGGA
Get precursor sequence
Structure
        10            20        30        40        50         
GGACAGACACUAAAGCU----|    CU            CA  C  A     GU CGUCUU 
                     GCACU  GCUGUGGCUGGU  AA GG ACCAA  C      \
                     CGUGA  CGAUAUCGACCA  UU CC UGGUU  G      C
AGGACCCCGGCCUACUAAAGU^    --            AC  C  C     UG AGGUUC 
       110       100          90        80        70        60
Deep sequencing
Go to detailed chart
3' NTU No
MotifsUG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17)
Tissue expression
-   +
To
Star sequence

Ami-Mir-133-P2-v1_5p* (predicted)
mirBase accessionNone
Sequence 
0- GCUGGUCAAACGGAACCAAGUC -22
Get sequence
Mature sequence

Ami-Mir-133-P2-v1_3p
mirBase accessionMIMAT0038148
Sequence 
37- UUUGGUCCCCUUCAACCAGCUA -59
Get sequence